核心结论：若法院已认定改制企业应当补偿员工而未补偿，员工可通过申请强制执行、主张赔偿损失、要求企业继续履行补偿义务等途径维护自身权益，具体如下：

1. 申请强制执行
   若法院已作出明确判决（如裁定企业需支付补偿款），但企业未主动履行，员工应在判决生效后2年内向法院申请强制执行。需提交的材料包括：生效法律文书（判决书、裁定书等）、强制执行申请书、身份证明等。法院将通过查封、扣押、冻结企业财产（如银行账户、固定资产等）或要求第三方协助执行（如划扣债务人款项）等方式强制企业履行义务。若企业确无财产可供执行，员工可申请将企业列入失信被执行人名单，限制其高消费及经营行为，并关注企业后续财产变动情况，随时申请恢复执行。

2. 主张赔偿损失
   若企业未补偿的行为导致员工产生额外损失（如因未及时获得补偿款而产生的利息损失、维权费用等），员工可另行起诉或通过执行程序主张赔偿。需提供证据证明损失与未补偿行为的因果关系（如银行流水、发票、合同等），法院将根据实际损失情况判决企业承担赔偿责任。若企业存在恶意拖延补偿的情形（如转移财产、隐匿资产），员工还可主张企业按中国人民银行同期贷款利率或LPR支付逾期利息，甚至主张惩罚性赔偿（需符合《民法典》中关于恶意违约的规定）。

3. 要求企业继续履行补偿义务
   若补偿义务涉及非金钱给付（如提供住房、安排就业等），且企业未履行，员工可要求法院裁定企业继续履行。例如，若改制协议约定企业需为员工缴纳社保至退休，但企业中途停缴，员工可申请法院责令企业补缴社保并承担滞纳金。若企业因改制导致主体灭失（如被注销、合并），员工可向改制后的主体（如承继企业资产的新公司）主张权利，需提供证据证明新公司承继了原企业的补偿义务（如改制文件、资产转让协议等）。

4. 行政投诉与劳动监察
   若企业未补偿的行为违反劳动法律法规（如未依法支付经济补偿金），员工可向当地劳动监察部门投诉，要求其责令企业限期支付。劳动监察部门有权对企业进行行政处罚（如罚款、责令整改），并协助员工追讨补偿款。若企业拒不执行劳动监察部门的决定，员工可申请法院强制执行该行政决定。

5. 申请破产债权申报（企业破产时）
   若企业进入破产程序，员工应尽快向破产管理人申报债权，提交补偿协议、法院判决等证明材料。破产管理人将根据《企业破产法》的规定，将员工债权列为优先清偿的劳动债权（仅次于破产费用和共益债务），在破产财产分配时优先受偿。若企业财产不足以清偿全部债务，员工仍可按比例获得部分补偿。

行动建议：员工应首先收集并整理所有与补偿相关的证据（如改制文件、劳动合同、补偿协议、法院判决等），明确补偿的具体内容（金额、方式、期限等）及企业的违约情形。根据企业现状（是否有财产、是否继续经营等）选择合适的维权途径，必要时可委托律师协助处理执行程序或诉讼，以提高效率并降低风险。