结论：施工单位在停工半年后，一般不可以未经甲方同意就申请注销备案人员证书。以下是详细分析：
一、备案人员证书的性质与意义
备案人员证书通常是施工单位在承接工程项目时，按照相关规定向有关部门提交并备案的，用于证明施工单位具备相应资质和人员配置的文件。这些证书对于确保工程项目的顺利进行、保障工程质量以及维护施工安全等方面都具有重要意义。
二、注销备案人员证书的条件与程序
注销条件：
- 通常情况下，注销备案人员证书需要满足一定的条件，如人员离职、证书过期、项目结束等。
- 在项目停工的情况下，并不直接构成注销备案人员证书的法定理由。停工可能只是项目进展中的一个阶段，并不意味着项目已经终止或施工单位不再需要这些备案人员。
注销程序：
- 注销备案人员证书通常需要按照规定的程序进行，包括提交相关申请材料、经过有关部门审核等。
- 在这个过程中，甲方（即项目业主或建设单位）的意见和同意往往是必不可少的。因为甲方是项目的发起者和受益者，对于施工单位的人员配置和资质情况有着直接的利益关系。
三、未经甲方同意注销备案人员证书的法律后果
合同违约：
- 如果施工单位与甲方在合同中明确约定了备案人员证书的相关事项，如证书的有效期、注销条件等，那么施工单位未经甲方同意就注销备案人员证书，可能构成合同违约。
- 甲方有权根据合同约定要求施工单位承担违约责任，包括赔偿损失、继续履行合同等。
行政处罚：
- 如果施工单位未经批准就擅自注销备案人员证书，可能违反了相关行政法规或规章的规定。
- 有关部门有权对施工单位进行行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。
四、建议与措施
与甲方沟通：
- 在停工期间，如果施工单位确实需要注销部分备案人员证书，建议首先与甲方进行沟通，说明情况并征求甲方的意见。
- 通过协商达成一致意见后，再按照规定的程序进行注销操作。
完善合同条款：
- 在未来的合同中，可以明确约定在停工、项目变更等特殊情况下备案人员证书的处理方式，以避免类似纠纷的发生。
遵守法律法规：
- 施工单位应严格遵守相关法律法规和规章的规定，不得擅自注销备案人员证书或进行其他违法违规行为。
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