核心结论：劳务派遣工被公司扣商业保险费用后生病，责任承担需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司扣费后未实际投保
   根据《劳动合同法》第92条，劳务派遣单位（用人单位）有义务为劳动者缴纳社会保险（含工伤保险、医疗保险等法定险种）。若公司扣除了商业保险费用却未实际投保，导致员工生病无法获得保险理赔，公司需承担全部赔偿责任。

   • 法律依据：公司扣费行为可能构成“未依法履行法定义务”，员工可要求公司返还扣费，并赔偿医疗费、误工费等实际损失。
     
   • 实务建议：员工应保留工资条、扣费通知等证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若公司扣费后已投保，但保险范围不涵盖该疾病
   商业保险的赔付范围以合同约定为准。若公司已按约定投保，但保险条款明确排除该疾病（如既往症、特定高风险疾病等），保险公司不承担赔付责任，公司也无额外义务。

   • 关键点：需审查保险合同条款，确认疾病是否属于免责范围。若公司未尽到“明确告知保险条款”的义务（如未让员工签字确认），可能承担部分责任。
     
   • 实务建议：员工可要求公司提供保险合同，核对条款；若公司存在隐瞒，可主张其承担补充赔偿责任。

3. 若公司扣费后已投保，且疾病在保障范围内但保险公司拒赔
   若保险公司以“未如实告知健康状况”“等待期出险”等理由拒赔，需区分责任主体：

   • 若员工在投保时未如实告知健康问题（如已知患病却隐瞒），保险公司拒赔合理，责任由员工自行承担；
     
   • 若公司未将员工健康信息如实告知保险公司（如代填健康问卷时隐瞒），导致拒赔，公司需承担责任，员工可要求公司协调理赔或直接赔偿。
     
   • 实务建议：员工应配合公司提供理赔材料，若公司推诿，可向银保监会投诉保险公司或起诉公司。

补充说明：

• 劳务派遣中，用工单位（实际工作单位）一般不直接承担保险责任，但若因用工单位原因导致员工受伤或生病（如工作强度过大引发疾病），可能涉及工伤认定或侵权责任，需另行主张。
  
• 若公司扣费行为违反内部规章制度（如未经员工同意扣费），员工还可主张公司返还扣费并支付利息。

建议行动：

1. 收集证据：工资条、扣费记录、保险合同、医疗诊断证明等；
   
2. 与公司协商，要求说明保险投保及理赔情况；
   
3. 若协商无果，向当地劳动仲裁委员会申请仲裁或向法院起诉。
   

如有进一步细节（如保险类型、扣费金额、疾病情况等），可随时补充，我会为您细化分析。