结论：工程承包合同签订完三年后，甲方要求分割合同并用两家公司做分割合同，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，若分割合同的行为违反了法律法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，则可能构成违法；若分割合同是出于合理商业目的，且未违反相关法律法规，则可能不构成违法。以下是对此问题的详细分析：
一、合同分割的合法性分析
合同分割的法律依据：
- 合同分割通常指的是将一个合同项下的权利义务分割成多个部分，由不同的主体承担。在法律上，合同分割的合法性取决于是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否损害了国家、集体或第三人的利益。
可能违法的情形：
- 规避法律：如果甲方分割合同的目的是为了规避某些法律法规的强制性规定，如逃避税收、规避招投标程序等，那么这种行为可能构成违法。
- 损害第三方利益：如果合同分割导致原合同中的某些条款无法履行，或者损害了合同相对方（如乙方）的合法权益，那么这种行为也可能构成违法。
- 违反合同约定：如果原合同中明确规定了不得分割合同或分割合同需经双方同意等条款，而甲方未经乙方同意擅自分割合同，那么这种行为违反了合同约定，可能构成违约。
可能合法的情形：
- 合理商业目的：如果甲方分割合同是出于合理的商业目的，如为了更好地管理项目、提高效率等，且未违反相关法律法规和合同约定，那么这种行为可能不构成违法。
- 双方协商一致：如果甲方与乙方就合同分割事宜进行了充分协商，并达成了一致意见，那么这种行为也是合法的。
二、用两家公司做分割合同的法律分析
公司独立法人地位：
- 两家公司作为独立的法人实体，各自承担独立的法律责任。如果甲方用两家公司做分割合同，且这两家公司都是合法注册的独立法人，那么从法律上讲，这种行为本身并不违法。
关联交易与利益输送：
- 然而，如果甲方用两家公司做分割合同是为了进行关联交易或利益输送，如通过高价采购、低价销售等方式损害其中一家公司的利益，或者通过转移资产等方式逃避债务等，那么这种行为可能构成违法。
合同履行与责任承担：
- 在用两家公司做分割合同的情况下，需要明确各公司在合同中的权利义务以及责任承担方式。如果合同分割导致责任承担不明确或存在漏洞，那么可能引发法律纠纷。
三、法律建议
审查合同条款：
- 乙方应仔细审查原合同中的条款，特别是关于合同分割、违约责任等方面的规定，以评估甲方分割合同的行为是否违反了合同约定。
协商与沟通：
- 乙方应与甲方进行充分协商和沟通，了解甲方分割合同的具体原因和目的，以及用两家公司做分割合同的具体安排和责任承担方式。
寻求法律帮助：
- 如果乙方对甲方分割合同的行为存在疑虑或担忧，可以寻求专业律师的法律帮助，以评估该行为的合法性并制定相应的应对策略。
保留证据：
- 在整个过程中，乙方应保留好与甲方沟通的相关证据，如邮件、聊天记录等，以备不时之需。
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