结论：自然人借别人公司签合同，再用自己公司签分包协议，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，可能涉及违法也可能不违法。以下从不同角度进行分析。
一、可能违法的情况
无权代理或超越代理权限：
- 如果自然人未经被借用公司的授权或超越了授权范围，以被借用公司的名义签订合同，这可能构成无权代理或超越代理权限。根据《民法典》的相关规定，无权代理或超越代理权限签订的合同，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力，由行为人承担责任。若因此给被借用公司造成损失，自然人可能需要承担赔偿责任。
合同欺诈或虚假陈述：
- 如果自然人在借用公司名义签订合同或分包协议时，存在故意隐瞒真实情况、虚构事实或误导对方的行为，可能构成合同欺诈或虚假陈述。根据《民法典》及《刑法》的相关规定，合同欺诈或虚假陈述可能面临民事赔偿和刑事处罚。
违反公司法或行业规定：
- 如果自然人的行为违反了公司法、行业规定或相关监管要求，如未经批准擅自以公司名义从事经营活动、违反分包规定等，也可能构成违法。这种情况下，自然人及其公司可能面临行政处罚或行业制裁。
二、可能不违法的情况
合法授权与代理：
- 如果自然人获得了被借用公司的合法授权，并在授权范围内以被借用公司的名义签订合同，且后续分包协议也符合相关法律法规和合同约定，那么这一行为可能是合法的。
真实意思表示与合同履行：
- 如果自然人在借用公司名义签订合同和分包协议时，均基于真实意思表示，且合同内容合法、条款明确，双方均按照合同约定履行了各自义务，那么这一行为通常不会被视为违法。
三、法律建议与风险提示
确保合法授权：
- 自然人在借用公司名义签订合同前，应确保获得被借用公司的合法授权，并明确授权范围和期限。
遵守法律法规与合同约定：
- 在签订合同和分包协议时，应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保合同内容合法、条款明确。
谨慎处理分包事宜：
- 在分包过程中，应确保分包协议符合相关法律法规和行业规定，避免因分包不当而引发法律纠纷。
及时咨询专业律师：
- 如果对借用公司名义签订合同和分包协议的法律风险存在疑虑，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和风险评估。
举例说明：假设自然人A获得了公司B的合法授权，以公司B的名义与C公司签订了一份采购合同。随后，A又以自己公司D的名义与E公司签订了分包协议，将采购合同中的部分工作分包给E公司。如果A的授权合法有效，且分包协议符合相关法律法规和合同约定，那么A的行为就是合法的。反之，如果A未经授权或超越授权范围签订合同，或者分包协议存在违法违规情况，那么A的行为就可能构成违法。
总结：自然人借别人公司签合同，再用自己公司签分包协议是否违法，需根据具体情况来判断。在处理此类事务时，建议自然人谨慎行事，确保合法授权、遵守法律法规与合同约定，并及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。