结论：在虚开发票套取资金贪污的案件中，当事人可能同时面临贪污罪和虚开增值税发票罪的指控，具体追究哪个罪名或是否数罪并罚，需根据案件的具体情况、行为人的主观故意、行为方式及危害后果等因素综合判断。对于被害企业而言，其可以通过民事诉讼途径要求赔偿损失，并在刑事诉讼中作为被害人参与诉讼，维护自身权益。
分析说明：
贪污罪与虚开增值税发票罪的构成要件：
- 贪污罪：指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。若当事人是国家工作人员，且通过虚开发票的方式套取资金非法占有，则可能构成贪污罪。
- 虚开增值税发票罪：指违反国家税收征管和发票管理规定，为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票或者用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的行为。若当事人虚开发票的行为符合该罪的构成要件，则可能构成虚开增值税发票罪。
数罪并罚的可能性：
- 在司法实践中，如果当事人的行为同时触犯了贪污罪和虚开增值税发票罪，且两个罪名之间不存在牵连或吸收关系，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能会对当事人进行数罪并罚。这意味着当事人将同时承担贪污罪和虚开增值税发票罪的刑事责任。
被害企业的权益保护：
- 民事诉讼途径：被害企业可以通过民事诉讼途径要求当事人赔偿因虚开发票套取资金而造成的经济损失。在民事诉讼中，被害企业需要提供充分的证据证明当事人的行为与其损失之间的因果关系。
- 刑事诉讼中的被害人地位：在刑事诉讼中，被害企业可以作为被害人参与诉讼，提出自己的诉求和证据，维护自身权益。同时，被害企业也有权要求司法机关追缴赃款赃物，以弥补其经济损失。
特殊场景：
- 如果当事人并非国家工作人员，而是普通企业员工或外部人员，通过虚开发票套取企业资金，则可能不构成贪污罪，而仅构成虚开增值税发票罪或其他相关罪名（如职务侵占罪，如果当事人利用职务上的便利）。此时，被害企业同样可以通过民事诉讼和刑事诉讼途径维护自身权益。
行动建议：
- 对于被害企业而言，一旦发现虚开发票套取资金的行为，应立即报警并收集相关证据，以便在刑事诉讼中作为被害人参与诉讼。
- 同时，被害企业也可以考虑通过民事诉讼途径要求赔偿损失，以全面维护自身权益。
- 在整个过程中，被害企业应咨询专业律师，以便更好地了解自身权益和诉讼策略。
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