核心结论：交通事故中工伤发放的停工留薪工资与保险公司误工赔偿原则上不能相互抵销，二者可同时获得，但需结合具体法律关系和地区规定综合判断。以下从法律原理、实务操作、特殊情形三个角度展开分析：

一、法律原理：性质不同，不适用“损失填补”原则

1. 停工留薪工资：属于工伤保险待遇，依据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害需暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。其本质是劳动者因工伤导致的收入损失补偿，由社保基金或用人单位承担。
   
2. 保险公司误工赔偿：属于侵权损害赔偿，依据《民法典》第一千一百七十九条，侵害他人造成人身损害的，应赔偿因误工减少的收入。其本质是侵权人对受害者实际损失的填补，由侵权方或其保险公司承担。
   

关键区别：工伤保险待遇与侵权赔偿分属不同法律关系，前者基于劳动关系，后者基于侵权责任，二者性质不同且无冲突，因此法律上不支持直接抵销。

二、实务操作：多数地区支持“双赔”，但需注意细节

1. 主流观点：全国多数地区（如北京、上海、广东）的司法实践支持工伤待遇与侵权赔偿“双赔”，即受害者可同时获得停工留薪工资和误工费赔偿。例如，《广东省高级人民法院关于审理劳动争议案件疑难问题的解答》明确规定，劳动者因第三人侵权造成人身损害并构成工伤的，可同时主张工伤保险待遇和民事侵权赔偿。
   
2. 例外情形：若侵权方（如交通事故责任方）已实际支付误工费，且金额高于停工留薪工资，部分地区可能允许用人单位在支付停工留薪工资时扣除已获赔偿部分（但需以实际损失为限，不得重复获利）。例如，《江苏省高级人民法院关于在当前宏观经济形势下妥善审理劳动争议案件的指导意见》中提到，劳动者因第三人侵权造成工伤的，误工费与停工留薪期工资原则上不得重复享受。
   

实务建议：需结合当地司法解释或案例判断，若地区无明确规定，优先主张“双赔”。

三、特殊情形：用人单位与侵权方主体重合时的处理

若交通事故中侵权方与用人单位为同一主体（如员工因执行工作任务发生交通事故，且自身负全责），则需区分责任：

1. 工伤认定成立：员工仍可享受工伤保险待遇，包括停工留薪工资，但用人单位作为侵权方需承担的误工赔偿可能因“工伤免责”原则被免除（具体需看地区规定）。
   
2. 例外：若员工存在故意或重大过失，用人单位可能依据《民法典》第一千一百九十一条追究其责任，但此情形与“停工留薪工资抵销误工费”无直接关联。
   

总结：交通事故中工伤待遇与保险公司误工赔偿能否抵销，需结合法律性质、地区规定及具体案情判断。若您涉及此类纠纷，建议提供事故责任认定、保险合同、工资流水等材料，我可进一步分析当地司法实践并制定维权策略。