结论：员工不接受厂里从八小时三班倒改成12小时两班倒的工作制度变更，并不意味着可以直接集体辞职。是否辞职应基于个人职业规划、经济状况及对工作制度变更的接受程度等多方面因素综合考虑，同时，员工有权通过合法途径维护自身权益。
分析说明：
工作制度变更的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位变更工作制度（如工作时间、班次等）需与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。若未经协商一致，单方面变更工作制度可能构成违法行为。
- 在此情况下，员工有权拒绝执行新的工作制度，并要求用人单位恢复原工作制度或进行协商。
员工辞职的权利与限制：
- 员工有权根据个人意愿和职业规划选择辞职，但辞职并非解决工作制度变更问题的直接或最佳方式。
- 若员工因工作制度变更而集体辞职，可能面临经济补偿、失业保险等权益的损失，且辞职后可能难以迅速找到新的工作。
维护权益的合法途径：
- 协商：员工可与用人单位进行协商，表达对工作制度变更的不满和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
- 投诉：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为。
- 仲裁或诉讼：在投诉无果的情况下，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，维护自身合法权益。
特殊场景：
- 若用人单位的工作制度变更严重违反了劳动法律法规，如超时加班、未支付加班费等，员工不仅有权拒绝执行，还有权要求用人单位支付经济补偿金，并可能通过法律途径追究用人单位的法律责任。
行动建议：
- 了解法律法规：员工应了解《中华人民共和国劳动法》及相关规定，明确自身权益和用人单位的义务。
- 与用人单位协商：在发现工作制度变更可能损害自身权益时，及时与用人单位进行协商，表达诉求和关切。
- 寻求法律援助：若协商无果或用人单位拒绝协商，员工可寻求法律援助或咨询专业律师，了解自身权益和维权途径。
- 保留证据：在维权过程中，员工应保留好相关证据，如工作制度变更通知、工资条、加班记录等，以便在需要时提供证明。
后续思考依据：
- 员工在面对工作制度变更时，应综合考虑个人职业规划、经济状况及对工作制度变更的接受程度等多方面因素，做出明智的决策。
- 维护自身权益是员工的合法权利，但应通过合法途径进行，避免采取过激行为或非法手段。
- 在维权过程中，员工应保持冷静和理性，积极与用人单位沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
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