公司班制由8小时三班倒改成12小时两班倒是否违法，需根据具体情况综合判断，主要涉及工作时间、休息休假、加班工资支付及审批程序等多个方面。以下从不同角度为您详细分析：

一、标准工时制度下的合法性分析

1. 工作时间限制：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
   • 12小时两班倒明显超出了每日八小时的工作时间限制，若用人单位未经过法定程序（如与工会和劳动者协商）擅自实行，则构成违法。

2. 延长工作时间限制：

   • 即使经过协商同意延长工作时间，根据《劳动法》第四十一条，每日也不得超过三小时，且每月累计不得超过三十六小时。
   • 12小时两班倒很可能导致员工每月加班时长远超这一限制，从而构成违法。

3. 休息休假权利：

   • 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若12小时两班倒导致劳动者无法享受这一基本权利，也是不合法的。

二、特殊工时制度下的合法性分析

1. 综合计算工时工作制：

   • 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行综合计算工时工作制或不定时工作制。
   • 但这些特殊工时制度必须经过劳动行政部门的审批，并在保障劳动者身体健康的基础上实施。
   • 若经批准实行综合计算工时工作制，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。若12小时两班倒导致周期内工作时间总和超标，超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费；未超标则不违法。

2. 不定时工作制：

   • 此制度下无固定上下班时间限制，因此单纯的12小时两班倒不能直接认定违法。
   • 但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，且该制度同样需要经过劳动行政部门的审批。

三、加班费支付规定

• 无论何种工时制度，若用人单位安排劳动者延长工作时间，均需依法支付加班费：
  • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
  • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
  • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

四、法律后果

• 如果用人单位违反《劳动法》的规定，实行12小时两班倒且未依法支付加班费或保障劳动者休息休假权利，可能面临以下法律后果：
  • 行政处罚：由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款。
  • 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付加班费、经济补偿金等。
  • 刑事责任：在极端情况下，如果用人单位的违法行为达到刑事犯罪的程度，相关责任人员可能承担刑事责任。

五、建议与指导

• 对于用人单位：在实行12小时两班倒前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批。同时，应依法支付加班费并保障劳动者的休息休假权利。
• 对于劳动者：应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如有疑问或发现权益受损，应及时向用人单位提出异议或向当地劳动监察部门投诉以维护自身合法权益。

综上所述，公司班制由8小时三班倒改成12小时两班倒是否违法，需根据具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。