结论：做厂车迟到扣钱是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度：

   • 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了员工乘坐厂车迟到将扣除一定金额的工资，并且该规章制度已经经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），且已向员工公示或告知，那么公司依据此规章制度扣钱是合法的。这是因为公司有权根据自身管理需要制定合理的规章制度，员工也有义务遵守。
   • 违法情形：如果公司的规章制度中没有相关规定，或者规章制度制定程序不合法（如未经民主程序制定、未向员工公示或告知），那么公司擅自扣钱就是违法的。员工有权要求公司返还被扣除的工资。

2. 劳动合同约定角度：

   • 合法情形：如果劳动合同中明确约定了员工乘坐厂车迟到将扣除一定金额的工资，那么公司依据劳动合同约定扣钱是合法的。劳动合同是双方自愿签订的，具有法律效力，双方都应遵守。
   • 违法情形：如果劳动合同中没有相关规定，或者劳动合同中的相关条款违反了法律法规的强制性规定（如扣除工资的比例过高、扣除工资后员工工资低于当地最低工资标准等），那么公司依据这些条款扣钱就是违法的。员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司不得随意扣除员工的工资。除非因员工本人原因给公司造成经济损失，且公司按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失时，可以从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 如果公司以员工乘坐厂车迟到为由扣除工资，且该扣除行为不符合上述法律法规的规定，那么公司的行为就是违法的。员工有权要求公司返还被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：

• 如果您遇到做厂车迟到被扣钱的情况，首先应查看公司的规章制度和劳动合同中是否有相关规定。
• 如果公司规章制度或劳动合同中有相关规定，但您认为这些规定不合法或不合理，可以向公司提出异议，并要求公司说明扣钱的依据和合理性。
• 如果公司无法提供合法依据或您认为公司的行为已经违反了法律法规，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司的行为被认定为违法，公司可能需要返还被扣除的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 如果员工因此与公司产生纠纷，可能会影响员工的工作环境和职业发展。因此，在处理此类纠纷时，建议员工保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。