结论前置：针对你实习协议写错且已自行修改，现在需要告知公司的情况，我建议你可以采取以下步骤来妥善处理。
一、明确告知公司的必要性
首先，你需要明确告知公司实习协议存在错误且你已自行修改这一事实。这是因为：
- 诚信原则：作为实习生，你应当秉持诚信原则，如实告知公司协议中的错误及你的修改行为。这有助于维护你与公司之间的信任关系。
- 避免潜在纠纷：如果公司后续发现协议中的错误，而你又未提前告知，可能会引发不必要的纠纷和误解。提前告知可以降低这种风险。
二、告知公司的方式与内容
在告知公司时，你可以采取以下方式：
- 书面通知：最好以书面形式（如电子邮件或书面信函）告知公司，这样既可以留下证据，又可以确保信息准确传达。
- 内容清晰：在通知中，应明确说明以下几点：
- 实习协议中存在的错误内容；
- 你已自行修改的部分及修改后的内容；
- 修改的原因和目的（如为了更准确地反映实习期间的权益和义务）；
- 表达你对公司的尊重和感谢，并希望公司能够确认修改后的协议内容。
三、可能的情况与应对策略
在告知公司后，可能会出现以下几种情况，你可以根据实际情况采取相应的应对策略：
公司认可修改：
- 如果公司认可你的修改，并同意按照修改后的协议执行，那么问题就得到了妥善解决。
- 你可以要求公司出具书面确认函，以作为后续的依据。
公司不认可修改：
- 如果公司不认可你的修改，认为修改后的协议内容不符合公司要求或法律法规规定，那么你需要与公司进行进一步沟通。
- 在沟通中，你可以解释修改的原因和目的，并尝试与公司达成共识。如果无法达成共识，你可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（当然，这里你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见）。
公司提出异议但愿意协商：
- 如果公司提出异议但愿意与你协商修改协议内容，那么这是一个积极的结果。
- 你可以与公司共同商讨修改方案，并尽量达成双方都能接受的协议内容。
四、法律风险提示
在处理此类问题时，你还需要注意以下法律风险：
- 未经公司同意擅自修改协议可能构成违约：虽然你是出于好意或为了更准确地反映实习期间的权益和义务而修改协议，但未经公司同意擅自修改可能构成违约行为。因此，在修改前最好先与公司沟通并取得同意。
- 修改后的协议内容需符合法律法规规定：无论是你还是公司提出的修改方案，都需要确保修改后的协议内容符合法律法规规定。否则，修改后的协议可能无效或引发法律纠纷。
最后，我建议你保持冷静和理性，以积极、合作的态度与公司沟通解决问题。如果遇到任何法律难题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见和帮助。