结论：物流公司是否有责任，取决于员工拿回扣的行为是否构成职务侵占或非国家工作人员受贿等违法行为，以及物流公司是否尽到了相应的管理责任。以下从不同角度详细分析：
一、员工行为性质
职务侵占：
- 如果员工利用负责运费核算的职务便利，将本应属于公司的运费差额或回扣据为己有，且数额较大，可能构成职务侵占罪。
- 在这种情况下，员工个人需承担刑事责任，而物流公司作为受害者，有权向员工追偿损失。
非国家工作人员受贿：
- 如果员工在运费核算过程中，收受他人财物（如回扣），为他人谋取利益，且数额较大，可能构成非国家工作人员受贿罪。
- 同样，员工个人需承担刑事责任，物流公司也可能因此遭受声誉和经济损失。
二、物流公司的责任
管理责任：
- 物流公司作为用人单位，有义务建立健全内部管理制度，包括财务管理、职务监督等，以防止员工利用职务之便进行违法活动。
- 如果物流公司未能尽到相应的管理责任，如未建立有效的监督机制、未对员工进行必要的培训和教育等，可能在某种程度上被视为对员工违法行为的纵容或忽视，从而承担一定的管理责任。但这种责任通常是民事上的，如赔偿因员工违法行为给第三方造成的损失（如果物流公司被认定为存在过错）。
刑事责任：
- 在一般情况下，物流公司不会因员工的个人违法行为而直接承担刑事责任。除非物流公司本身参与了员工的违法行为，或者对员工的违法行为存在明知并放任的情况。
三、建议与措施
加强内部管理：
- 物流公司应建立健全内部管理制度，明确各岗位的职责和权限，加强对关键岗位（如运费核算）的监督和审计。
- 定期对员工进行法律培训和职业道德教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。
及时采取措施：
- 一旦发现员工存在拿回扣等违法行为，物流公司应立即采取措施，如暂停员工职务、调查取证、向公安机关报案等。
- 同时，物流公司应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和资料。
法律追偿：
- 如果员工的行为给物流公司造成了经济损失，物流公司有权通过法律途径向员工追偿损失。
- 在追偿过程中，物流公司应保留好相关证据，如员工拿回扣的记录、公司损失的计算依据等。
后续思考依据：在判断物流公司是否有责任时，需要综合考虑员工的行为性质、物流公司的管理责任以及相关法律法规的规定。如果员工的行为构成犯罪，物流公司应积极配合司法机关的调查工作，并依法维护自身的合法权益。同时，物流公司也应加强内部管理，预防类似事件的再次发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。