结论：工程尾款未付时，实际施工人能否与挂靠公司进行结算，需根据具体情况分析，包括挂靠协议的约定、实际施工人与挂靠公司的关系、以及是否存在违法分包或转包等情形。以下从不同角度进行详细分析：
挂靠协议有明确约定：
- 法律分析：若实际施工人与挂靠公司之间的挂靠协议中明确约定了工程尾款的结算方式、支付时间等条款，那么双方应按照协议约定进行结算。挂靠公司作为名义上的承包人，有义务根据协议向实际施工人支付工程尾款。
- 建议：实际施工人应首先审查挂靠协议，确认其中关于工程尾款结算的条款，并据此与挂靠公司进行协商和结算。
挂靠协议无明确约定或未签订挂靠协议：
- 法律分析：在挂靠协议无明确约定或双方未签订挂靠协议的情况下，实际施工人与挂靠公司之间的结算关系可能变得复杂。此时，需要依据相关法律法规和司法实践来判断。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定，实际施工人有权向发包人主张工程款，但在挂靠关系中，发包人可能并不直接知晓实际施工人的存在，而是与挂靠公司签订合同。因此，实际施工人可能需要先通过挂靠公司来主张工程款，或者根据具体情况直接向发包人主张权利（在发包人明知挂靠关系的情况下）。
- 建议：
- 实际施工人应收集并整理与工程相关的所有证据，包括但不限于施工合同、工程量确认单、付款凭证等，以证明其实际施工的事实和应得的工程款。
- 尝试与挂靠公司进行协商，寻求双方都能接受的结算方案。
- 若协商无果，可考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
存在违法分包或转包情形：
- 法律分析：如果挂靠公司存在违法分包或转包的行为，那么实际施工人与挂靠公司之间的结算关系可能受到法律限制。根据相关法律法规，违法分包或转包的行为是无效的，因此实际施工人可能无法直接依据与挂靠公司的协议来主张工程款。但在此情况下，实际施工人仍有权向发包人主张工程款（在符合一定条件的情况下），或者依据其他法律规定来维护自己的权益。
- 建议：
- 实际施工人应首先确认挂靠公司是否存在违法分包或转包的行为。
- 若存在此类行为，应咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
- 根据律师的建议，采取合适的法律行动来维护自己的权益。
进一步思考：在实际操作中，工程尾款的结算往往涉及多个方面和多个主体，包括发包人、承包人（挂靠公司）、实际施工人等。因此，在处理此类纠纷时，需要综合考虑各种因素，包括合同约定、法律规定、实际施工情况等。同时，由于建设工程领域的法律法规和司法实践较为复杂，建议实际施工人在遇到此类问题时及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
最后，若您在工程尾款结算方面遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。