挂靠公司并不总是直接支付实际施工人工程款，这取决于多种因素和具体情况。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同相对性原则
在建设工程合同中，合同相对性原则是一个基本原则，它要求合同的权利义务仅在合同当事人之间产生约束力。因此，如果挂靠公司（被挂靠企业）与发包方签订了建设工程合同，而实际施工人（挂靠人）并未直接与发包方签订合同，那么从法律层面看，工程款的支付义务通常应由挂靠公司向发包方主张，而非直接支付给实际施工人。然而，这并不意味着实际施工人无法获得工程款，他们可以通过其他途径来维护自己的权益。
二、实际施工人的权益保护
实际施工人作为工程的实际建设者，对工程款享有直接的请求权。在司法实践中，为了保护实际施工人的合法权益，法院通常会审查挂靠公司与实际施工人之间的内部约定，以及实际施工人对工程的投入和贡献。如果实际施工人完成了工程建设任务，且挂靠公司怠于向发包方主张工程款，实际施工人有权直接向发包方主张工程款，或者通过法律途径要求挂靠公司支付工程款。
三、挂靠公司与实际施工人之间的内部约定
挂靠公司与实际施工人之间通常会签订挂靠协议，明确双方的权利义务。如果挂靠协议中明确约定了工程款的支付方式和对象，那么双方应按照协议约定履行。例如，如果协议约定工程款由挂靠公司直接支付给实际施工人，那么挂靠公司就应当按照约定支付。反之，如果协议没有约定或者约定不明确，那么就需要根据其他因素来判断工程款的支付对象。
四、司法实践中的处理原则
在司法实践中，法院在审理此类案件时，会综合考虑多种因素来平衡各方利益。这包括挂靠公司与实际施工人之间的内部约定、实际施工人的权益保护、工程建设的实际情况以及相关法律法规的规定等。在大多数情况下，法院倾向于支持实际施工人直接向发包方主张工程款的请求，或者通过法律途径要求挂靠公司支付工程款，而非简单地由挂靠公司直接支付给实际施工人。
五、例外情况
当然，也存在一些例外情况。例如，如果挂靠公司、实际施工人与发包方三方之间达成了协议，明确约定工程款由挂靠公司直接支付给实际施工人，并且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式就是合法有效的。此外，在某些特殊情况下，如实际施工人怠于行使其对发包方的工程款债权，且该债权已到期、非专属、确定合法有效时，挂靠公司可能依据《民法典》中关于债权人代位权的规定，以自己的名义代位行使实际施工人对发包方的权利，但这需要满足严格的法定条件，并经过法院的审查和认定。
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