针对部门被收购后合同和赔偿金的问题，以下是从不同角度给出的详细解答：

1. 合同处理：

   • 合同继续履行：在部门被收购的情况下，原部门与第三方签订的合同，通常应继续履行。因为收购行为一般不影响已成立合同的效力，除非合同中有特别约定或法律另有规定。新公司（收购方）应继承原部门在合同中的权利和义务。
   • 合同变更或解除：如果因收购导致合同履行的基础发生重大变化，如合同标的物灭失、合同目的无法实现等，双方可以协商变更或解除合同。若协商不成，可依据合同约定或法律规定，通过诉讼或仲裁方式解决。
   • 合同转让：若原部门希望将合同权利义务转让给第三方，需经合同相对方同意，并办理相关转让手续。在收购背景下，这种转让可能涉及新公司的参与和同意。

2. 赔偿金问题：

   • 员工赔偿金：如果部门被收购导致员工被裁员或劳动合同变更，员工有权根据《劳动合同法》等相关规定，要求原部门或新公司支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常依据员工的工作年限和工资水平。
     • 计算公式（以经济补偿金为例）：\(经济补偿金 = 工作年限 \times 月工资\)（其中，月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年）。
   • 合同违约赔偿金：如果因收购导致原部门无法履行与第三方的合同，且构成违约，原部门或新公司可能需根据合同约定或法律规定，向第三方支付违约赔偿金。违约赔偿金的数额和支付方式应依据合同具体条款和实际情况确定。

3. 法律程序与建议：

   • 协商解决：在收购过程中，建议原部门、新公司和合同相对方进行充分协商，就合同履行、变更、解除及赔偿金等问题达成一致意见，并签订书面协议。
   • 法律审查：在签订任何与收购相关的协议或文件前，建议进行法律审查，确保协议内容合法合规，避免潜在的法律风险。
   • 争议解决：如果协商不成，可依据合同约定或法律规定，通过诉讼、仲裁等法律途径解决争议。在此过程中，建议寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。

总结与建议： 部门被收购后，合同和赔偿金问题涉及多个法律方面，包括合同法的适用、员工权益的保护以及违约责任的承担等。建议相关方在处理这些问题时，充分了解相关法律法规，积极协商解决争议，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。