结论：公司在填写个人收入时未扣除保险费是否合法不能一概而论，需分情况讨论。
- 若公司未依法为员工缴纳社会保险，同时填写收入时未扣除保险费
- 从社会保险缴纳义务角度，根据《中华人民共和国社会保险法》规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并按时足额缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。这是公司的法定义务，不得以任何理由拒绝或拖延。
- 在这种情况下，公司未扣除保险费且未实际缴纳保险费，属于违法行为。不仅损害了员工的合法权益，员工在面临养老、医疗、失业等风险时无法获得相应的保障，公司还可能面临劳动行政部门的处罚。劳动行政部门会责令公司限期缴纳或者补足，逾期仍不缴纳的，会加收滞纳金，并处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。
- 若公司已依法为员工缴纳社会保险，填写收入时未扣除保险费
- 从财务和税务处理角度，个人收入在计算个人所得税时，按照规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。如果公司在填写收入时未扣除保险费，可能会导致员工个人所得税计算不准确。
- 如果公司只是填写收入时未扣除保险费，但后续在计算个人所得税时进行了正确的扣除处理，那么这种填写上的失误一般不会对员工的实际权益产生实质性影响，但公司应及时纠正填写错误，避免给员工造成不必要的困扰。
- 如果公司不仅填写收入时未扣除保险费，在计算个人所得税时也未进行扣除，那么员工的应纳税所得额就会虚增，导致员工多缴纳个人所得税。这种情况下，员工有权要求公司进行更正，公司应当配合办理相关手续，确保员工的个人所得税计算准确。如果公司拒绝更正，员工可以向税务机关举报，税务机关会依法进行处理。