建设单位要求施工方全额开具决算后工程款发票但仅支付部分款项的行为，本身并不直接违法，但可能涉及合同履行、税务及民事责任问题，需结合具体情况分析。以下从不同角度展开说明：
1. 合同约定优先
- 若双方签订的施工合同中明确约定“发票开具与付款进度无关”或“施工方需在决算后全额开具发票，建设单位按约定比例支付款项”，则建设单位的行为符合合同约定，不构成违约。
- 但需注意：若合同未明确约定或约定模糊，建设单位单方面要求全额开票却仅支付部分款项，可能违反《民法典》中“诚实信用原则”及“全面履行义务”的规定，施工方有权要求按实际付款比例开具发票或拒绝超额开票。
2. 税务合规性
- 根据《发票管理办法》及《增值税暂行条例》，施工方开具发票需以实际交易金额为准。若建设单位要求开具的发票金额超过已支付款项，施工方可能面临以下风险：
- 虚开发票风险：若发票金额与实际收款不符，可能被税务机关认定为“虚开发票”，面临罚款（最高50万元）甚至刑事责任（《刑法》第二百零五条）。
- 税务申报矛盾：施工方需按发票金额申报收入，但实际未收到款项可能导致税负增加，需通过其他方式（如“应收账款”科目）调整，增加财务成本。
- 建议：施工方可与建设单位协商，按实际付款比例分阶段开具发票，或要求建设单位出具书面承诺（如“剩余款项支付时间”），以降低税务风险。
3. 民事责任与救济途径
- 若建设单位未按合同约定支付款项，施工方可依据《民法典》第五百七十七条要求其承担违约责任，包括：
- 继续履行（支付剩余款项）；
- 赔偿损失（如利息、维权成本等）；
- 在合同约定或法定条件下解除合同。
- 关键证据：施工方需保留合同、决算文件、付款记录、沟通记录等证据，以证明建设单位未履行付款义务。
4. 特殊情形：以票抵债或工程款抵销
- 若建设单位以其他资产（如房产、设备）抵偿部分工程款，并要求施工方全额开票，需满足以下条件：
- 双方达成书面抵债协议；
- 抵债资产价值与工程款金额匹配；
- 符合税务机关对“非货币性资产交换”的税务处理要求（如视同销售、增值税抵扣等）。
- 风险提示：若抵债协议无效或未履行，施工方可能面临“票款两空”的风险。
总结建议
- 审查合同：确认发票开具与付款进度的约定，若无约定或约定不利，可要求补充协议。
- 协商解决：与建设单位沟通，按实际付款比例开票或明确剩余款项支付时间。
- 法律维权：若协商无果，可向法院起诉要求支付款项及赔偿，或向税务机关举报虚开发票行为（但需谨慎，避免激化矛盾）。
- 税务合规：确保发票金额与实际收款一致，避免虚开发票风险。
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