针对您的情况，首先明确结论：您已开具了全部工程发票但剩余工程未完成，这涉及发票管理、合同履行及违约责任等多方面法律问题，需根据具体情况采取相应措施。
一、发票管理角度
发票的合规性：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。您已按甲方要求开具了全部工程发票，从发票管理角度看，您的行为本身是合规的。
发票与实际交易不符的风险：
- 然而，由于剩余工程未完成，实际交易金额与已开具发票金额可能不符。这可能导致税务机关在核查时认为您存在虚开发票的行为，从而面临税务处罚。因此，建议您尽快与甲方沟通，说明实际情况，并协商解决方案，如作废或红冲部分发票，以反映真实交易情况。
二、合同履行角度
合同解除或变更：
- 您与甲方之间应存在工程承包合同或类似协议。由于剩余工程不再继续，您应与甲方协商解除或变更合同。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同解除或变更需双方协商一致，并签订书面协议。
- 在协商过程中，您应明确提出因剩余工程未完成，已开具的发票需作相应处理，并要求甲方承担因合同解除或变更可能产生的损失（如已采购但未使用的材料费用、已投入的人工费用等）。
违约责任：
- 如果合同中约定了违约责任条款，且您因剩余工程未完成而构成违约，您可能需要承担相应的违约责任。但违约责任的承担应以实际损失为限，且甲方需证明其因您的违约行为而遭受了实际损失。
- 如果甲方要求您承担过高的违约责任，您有权拒绝，并可通过法律途径维护自己的合法权益。
三、实际操作建议
与甲方沟通：
- 首先，与甲方进行坦诚的沟通，说明剩余工程不再继续的原因及已开具发票的情况。提出作废或红冲部分发票的建议，并协商合同解除或变更的具体事宜。
保留证据：
- 在沟通过程中，务必保留好相关证据，如沟通记录、合同文本、发票复印件等。这些证据将在后续可能出现的纠纷中发挥重要作用。
寻求法律帮助：
- 如果与甲方沟通无果，或甲方提出不合理要求，建议您及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询、起草法律文件、代理诉讼等全方位的法律服务。
四、可能面临的法律后果
税务处罚：
- 如果因发票与实际交易不符而被税务机关认定为虚开发票，您可能面临罚款、没收违法所得等税务处罚。
合同纠纷：
- 如果与甲方无法就合同解除或变更达成一致，可能引发合同纠纷。您可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷，并承担相应的诉讼费用或仲裁费用。
综上所述，您应尽快与甲方沟通并协商解决方案，以避免可能的法律风险和损失。如有需要，请随时向我咨询相关法律问题。