结论：员工在上班期间，公司未经合法程序直接为其办理离职，通常是违法的。不过，具体是否违法还需根据离职的原因、程序以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法离职的情形与程序
员工主动离职：
- 如果员工因个人原因主动提出离职，并按照公司规定的程序（如提前通知、办理交接等）进行，那么公司为其办理离职手续是合法的。
- 在这种情况下，公司无需承担违法责任，但应确保员工离职手续的合规性，如出具离职证明、结算工资等。
公司合法解除劳动合同：
- 如果员工存在严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害等情形，公司有权依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。
- 但公司在解除劳动合同时，必须遵循法定程序，如提前通知员工、听取员工申辩、出具解除劳动合同证明等。若公司未遵循这些程序，即使员工存在过错，公司的解除行为也可能被认定为违法。
二、公司违法办理离职的情形
未经员工同意擅自办理离职：
- 如果公司未经员工同意，擅自为其办理离职手续，如停发工资、注销工作账号等，这通常构成违法解除劳动合同。
- 在这种情况下，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
未遵循法定程序解除劳动合同：
- 如前所述，即使员工存在过错，公司解除劳动合同时也必须遵循法定程序。若公司未提前通知员工、未听取员工申辩或未出具解除劳动合同证明等，均可能构成违法解除。
- 违法解除劳动合同的，公司需承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复劳动关系等。
三、法律建议与后续行动
收集证据：
- 如果员工认为公司违法办理了离职手续，应首先收集相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录、公司通知等，以证明自己的权益受到了侵害。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司纠正违法行为并赔偿损失。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决公司违法解除劳动合同并支付相应的赔偿金。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，如果员工感到困惑或无法自行处理，可以寻求专业律师的法律援助，以确保自己的权益得到充分保护。
举例说明：假设员工小张因公司未经其同意擅自停发工资并注销工作账号而认为公司违法办理了离职手续。小张可以收集工资单、工作记录等证据，并先尝试与公司协商解决。如果协商无果，小张可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
后续思考：在处理此类劳动纠纷时，员工应充分了解自己的权益和法律法规的相关规定，以便在遭遇违法行为时能够及时采取措施保护自己的权益。同时，公司也应加强内部管理，确保离职手续的合规性，以避免不必要的法律纠纷。如果你还有其他关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。