结论：将加班3.5小时改成3小时是否合法，这主要取决于修改加班时长是否违反了相关法律法规中关于加班时长的限制，以及是否得到了员工的同意。以下从不同角度进行分析：

一、法律法规角度

1. 加班时长限制：

   • 根据《劳动法》的相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 如果原本的加班时长3.5小时已经接近或超过了法律规定的单日加班时长上限（在特殊情况下为3小时），那么将其修改为3小时可能是为了符合法律规定，这种修改在法律上是允许的，但前提是这种修改不是单方面的，而是与员工协商一致的结果。

2. 协商一致原则：

   • 任何关于工作时间的变更，包括加班时长的变更，都需要用人单位与员工协商一致。如果用人单位未经员工同意，单方面将加班时长从3.5小时改为3小时，这可能构成违法行为，因为侵犯了员工的合法权益。

二、实际操作角度

1. 员工同意：

   • 在实际操作中，如果用人单位希望将加班时长从3.5小时改为3小时，应当与员工进行充分沟通，并取得员工的同意。这样不仅可以避免法律纠纷，还可以维护良好的劳动关系。

2. 记录与证明：

   • 如果双方就加班时长的变更达成了协议，用人单位应当做好相关记录，并保留好证明材料，如书面协议、电子邮件、短信等。这样在发生纠纷时，可以提供有力的证据来支持自己的主张。

三、可能后果

1. 合法修改：

   • 如果修改加班时长是经过与员工协商一致的，并且没有违反相关法律法规的规定，那么这种修改是合法的，不会产生任何法律后果。

2. 非法修改：

   • 如果修改加班时长是未经员工同意的，或者违反了相关法律法规的规定，那么这种修改是非法的。员工有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为，并可能获得相应的赔偿。

建议：作为用人单位，在修改加班时长时，应当严格遵守相关法律法规的规定，并与员工进行充分沟通，取得员工的同意。如果员工对加班时长的修改有异议，用人单位应当耐心解释，并寻求合理的解决方案。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。