结论：公司扣除员工过年节假日补贴的行为是否合理，需根据具体情况判断，但一般情况下，若员工请假符合公司规定且未违反相关法律法规，公司扣除节假日补贴的做法可能不合理。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规角度
劳动报酬与福利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有获得劳动报酬和福利的权利。节假日补贴通常被视为劳动者福利的一部分，除非有明确的法律规定或劳动合同中的特别约定，否则公司不得随意扣除。
请假制度：
- 员工请假回家过年，若按照公司规定履行了请假手续，且请假期间未违反公司规章制度或法律法规，公司应保障员工的合法权益，包括节假日补贴的发放。
二、公司规章制度角度
规章制度合法性：
- 公司规章制度需符合法律法规的规定，且不得侵犯劳动者的合法权益。若公司规章制度中明确规定了请假期间扣除节假日补贴的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除补贴的行为可能具有合法性。但此类条款往往因侵犯劳动者权益而被认定为无效。
规章制度执行：
- 即使公司规章制度中有相关规定，公司在执行时也需遵循公平、公正的原则。若公司对所有请假员工都一视同仁地扣除节假日补贴，且该做法不违反法律法规和劳动合同约定，那么可能具有一定的合理性。但若公司仅针对个别员工或特定情况扣除补贴，则可能构成不公平对待。
三、实际操作建议
与公司沟通：
- 员工可首先与公司沟通，了解公司扣除节假日补贴的具体原因和依据。若公司无法提供合理的解释或依据，员工可要求公司恢复补贴的发放。
查阅劳动合同和规章制度：
- 员工应仔细查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于请假和节假日补贴的规定。若发现公司行为违反合同或规章制度，员工可据此与公司协商或采取法律手段维护自己的权益。
寻求法律援助：
- 若与公司沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。劳动监察部门将对公司行为进行调查，并依法处理违法行为。员工也可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。
四、可能法律后果
公司违法扣除补贴：
- 若公司行为被认定为违法扣除节假日补贴，公司可能需承担补发补贴、支付赔偿金等法律责任。
员工维权成本：
- 员工在维权过程中可能需承担一定的时间成本和经济成本。但若员工能够提供充分的证据证明公司行为违法，其维权成功的可能性较大。
总结与建议：公司扣除员工过年节假日补贴的行为是否合理，需根据具体情况判断。员工在遇到此类情况时，应首先与公司沟通并查阅相关合同和规章制度。若公司行为违法或违反合同约定，员工可通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。