结论：物流公司要求交5000元保证金入职是否合法，需分情况判断，关键看保证金性质及是否违反法律强制性规定。

1. 若保证金属于“押金”或“风险保证金”，则不合法
   根据《劳动合同法》第九条明确规定：用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
   若物流公司以“防止货物丢失”“避免员工违约”等理由要求交保证金，本质属于变相收取财物，违反上述规定。此时劳动者有权拒绝，若已缴纳可要求公司退还，甚至可向劳动监察部门投诉（如拨打12333）。

2. 若保证金属于“培训费”或“特殊岗位费用”，需进一步区分

   • 若公司以“岗前培训”名义收费，需满足两个条件才可能合法：
     
     • 培训是公司自主提供且非法定培训（如行业资格证培训需劳动者自行承担）；
       
     • 费用金额合理（如5000元明显过高可能被认定为违法）。
       
   • 若公司以“特殊岗位装备费”（如制服、工具）名义收费，需符合：
     
     • 装备归劳动者所有（如离职时可带走）；
       
     • 费用未超出实际成本（如制服市场价仅1000元却收5000元则违法）。
       

3. 若保证金属于“自愿投资”或“合作性质”，可能不适用劳动法
   若劳动者与物流公司签订的是合作协议（如加盟、承包车辆），而非劳动合同，则双方关系受《民法典》调整。此时公司要求缴纳保证金可能属于合同约定，需审查合同条款是否公平（如保证金退还条件、违约责任等）。若条款显失公平（如“无论是否违约均不退还”），劳动者可主张撤销合同或要求调整。

建议行动步骤：

• 第一步：要求公司出具书面文件，明确保证金性质、用途、退还条件；
  
• 第二步：核对文件是否违反《劳动合同法》第九条（如是否以“担保”名义收费）；
  
• 第三步：若公司拒绝退还或存在违法行为，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁（需保留缴费凭证、劳动合同等证据）。
  

若有具体文件或细节需要分析，可直接向我提供，我会进一步帮你梳理法律风险。