可以申请注销，但需分情况讨论，具体如下：

1. 若一建证（一级建造师证书）注册在公司名下，且劳动合同已解除或终止
   根据《注册建造师管理规定》第十六条，注册建造师与聘用企业解除劳动关系后，应当及时申请办理变更注册或注销注册。此时您作为持证人，有权单方向建设主管部门申请注销注册，无需原公司配合。但需注意：

   • 需提供与原公司解除劳动关系的证明（如离职证明、裁员通知等）；
     
   • 若原公司拒绝出具相关证明，可向劳动仲裁机构申请确认劳动关系解除，再凭仲裁文书办理注销。

2. 若一建证被公司违规扣押或拒绝配合注销
   部分公司可能以“证书使用费未结算”“未找到替代人员”等理由拖延注销。此时您可：

   • 向建设主管部门投诉：依据《劳动合同法》第九条，用人单位不得扣押劳动者证件，否则可由劳动行政部门责令限期退还并处罚款；
     
   • 通过法律途径解决：若公司存在扣押证书、拖欠费用等违法行为，可起诉要求返还证书并赔偿损失，同时凭生效判决申请强制注销。

3. 注销后的注意事项

   • 注销后若需重新注册，需满足继续教育要求（如完成规定学时）；
     
   • 若原公司以“未履行合同义务”为由主张违约责任，需结合劳动合同具体条款判断，建议提前梳理相关证据（如工作记录、证书使用协议等）。

建议行动步骤：

1. 优先与原公司协商，要求出具离职证明并配合注销；
   
2. 若协商无果，向当地住建部门提交书面注销申请及劳动关系解除证明；
   
3. 必要时委托律师介入，通过法律手段维护权益。
   

如有进一步细节（如公司拒绝配合的具体理由、证书使用协议内容等），可随时补充说明，我会为您分析具体风险点。