借款合同只有公司盖章而没有法人章，在大多数情况下仍然是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与公章效力

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。公司公章作为公司对外进行活动的重要象征，代表了公司的意志和行为。因此，合同上加盖了公司公章，即表明公司对合同内容予以认可，该合同在满足其他生效要件（如合同双方主体具有相应的民事行为能力，合同内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗等）的情况下，是合法有效的。

二、实际考量与商业实践

在商业实践中，公章的使用具有极高的权威性和代表性。只要加盖的公章是真实有效的，且合同不存在违反法律法规强制性规定、损害国家利益或社会公共利益等导致合同无效的情形，该合同通常会被认定为有效。公司公章的加盖，往往被视为公司对合同条款和内容的正式确认，无需法人章的额外加盖。

三、特殊情况与注意事项

尽管在大多数情况下，只有公司盖章而没有法人章的借款合同是有效的，但也存在一些特殊情况需要注意：

1. 合同约定：如果合同中明确约定需要同时加盖公章和法人章合同才生效，那么仅加盖公章而没有法人章，合同可能因未满足约定的生效条件而不生效。因此，在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于生效条件的约定。

2. 公章真实性：如果合同上的公章是被他人伪造的，或在公司不知情的情况下被盗用并加盖在合同上，那么该合同不能代表公司的真实意思表示，因此对公司不具有法律效力。在这种情况下，公司应及时采取法律措施维护自身权益。

3. 法律法规特殊规定：如果法律有特别规定必须同时加盖公章和法人章，也需要按照这些特殊规定来执行。不过，在一般的借款合同中，这种特殊规定较为少见。

四、建议与总结

为了确保借款合同的合法有效，建议在签订合同时：

• 仔细审查合同条款：特别是关于生效条件的约定，确保合同内容符合法律法规的规定和双方的真实意愿。
• 规范公章使用：公司应加强公章的管理和使用规范，防止公章被滥用或盗用。
• 保留相关证据：在签订和履行合同过程中，应保留好相关证据，如合同文本、付款凭证等，以备不时之需。

综上所述，借款合同只有公司盖章而没有法人章，在大多数情况下是有效的。但为了确保合同的合法性和有效性，建议在签订合同时仔细审查合同条款，并规范公章的使用。如果您在借款合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。