结论：公司把工程款违规给下层老板（通常指实际施工人或分包商等）是否违法，需根据具体情况判断，但在多数违规情形下，该行为可能涉嫌违法。以下从不同角度详细分析：

一、从合同相对性角度分析

在建设工程领域，合同具有相对性，即工程款的支付应严格按照合同约定进行。如果公司（通常指总承包商或发包人）与下层老板之间没有直接的合同关系，而公司却直接将工程款支付给下层老板，这可能违反了合同相对性原则。

• 违法情形：若公司未经上层合同相对方（如业主或总承包商的上一级分包商）同意，擅自将工程款支付给下层老板，可能构成违约，需要承担违约责任。
• 合法例外：如果合同中有明确约定，或者事后得到了上层合同相对方的追认，那么这种支付行为可能是合法的。

二、从财务管理和税务合规角度分析

公司支付工程款应遵循财务管理和税务合规的原则。违规支付工程款可能导致公司财务记录混乱，甚至可能涉及偷逃税款等违法行为。

• 违法情形：如果公司为了逃避税务监管或进行其他不正当目的，而违规将工程款支付给下层老板，且未按照规定进行税务申报和缴纳税款，那么这种行为可能构成偷逃税款等违法行为。
• 合法要求：公司应按照国家税收法律法规的规定，对工程款进行规范的税务处理，确保税款的及时足额缴纳。

三、从建设工程管理法规角度分析

在建设工程领域，有一系列的管理法规对工程款的支付进行了规范。如果公司违规支付工程款，可能违反这些法规的规定。

• 违法情形：例如，根据《保障农民工工资支付条例》等相关法规，建设单位应当按照合同约定及时足额将人工费用拨付到农民工工资专用账户，并监督施工企业将工资发放到农民工本人。如果公司违规将工程款（包括人工费用）直接支付给下层老板，而未确保农民工工资的支付，可能构成违法行为。
• 合法操作：公司应严格遵守建设工程管理法规的规定，按照合同约定和法规要求支付工程款，确保工程款的合法合规使用。

四、可能面临的法律后果

如果公司违规将工程款支付给下层老板，可能面临以下法律后果：

• 民事责任：公司可能需要承担违约责任，赔偿因违规支付给上层合同相对方造成的损失。
• 行政责任：公司可能因违反财务管理、税务合规或建设工程管理法规的规定，而受到相关行政部门的处罚，如罚款、没收违法所得等。
• 刑事责任：在严重情况下，如果公司的违规支付行为构成犯罪（如偷逃税款罪等），公司及其相关责任人员可能面临刑事责任的追究。

建议：为了避免违规支付工程款带来的法律风险，公司应严格遵守合同约定、财务管理、税务合规和建设工程管理法规的规定，确保工程款的合法合规支付。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。