公司确实有可能会起诉员工违反竞业限制协议，但这并非绝对，取决于多种因素的综合考量。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、竞业限制协议的合法性与有效性

1. 合法性基础：竞业限制协议作为企业与员工之间的合同约定，必须遵循《劳动合同法》等相关法律法规的规定。协议内容，如竞业限制的范围、期限、地域以及补偿等条款，需合理且合法，否则可能影响其法律效力。

2. 有效性判断：有效的竞业限制协议应经过合法的签订程序，且双方意思表示真实。若协议存在瑕疵，如竞业限制期限过长（一般不超过两年）、未给予劳动者合理的经济补偿等，可能会影响其可执行性，甚至导致协议无效。

二、公司起诉的考量因素

1. 维权成本与收益：

   • 经济成本：起诉涉及律师费、诉讼费等多项费用。若员工违约造成的损失较小，而诉讼成本较高，公司可能会权衡利弊后选择不起诉。
   • 商业价值：公司还会综合考虑与员工的关系、商业形象及未来合作可能性。有时，与员工协商解决或保持良好关系更符合公司的长远利益。

2. 证据收集的难易程度：

   • 证明竞争关系：公司需提供充分证据证明员工新工作或业务与原公司存在竞争关系，这在某些行业或领域可能较为困难。
   • 补偿措施合理性：公司要求员工履行竞业限制协议的前提是已给予合理经济补偿。若未按规定支付，员工可抗辩，增加公司起诉的风险。

3. 员工违约行为的严重性：如果员工确实存在严重的违约行为，如泄露商业秘密、在竞争对手处担任关键职位等，公司更有可能选择起诉以维护自身权益。

三、法律后果与应对建议

1. 法律后果：

   • 如果员工确实违反了竞业限制协议，根据《劳动合同法》的相关规定，可能需要承担赔偿责任，赔偿公司因此遭受的损失。
   • 在极端情况下，如果违反竞业限制协议给商业秘密的权利人造成重大损失，还可能面临刑事处罚。

2. 应对建议：

   • 对于员工而言：如确实违反了竞业限制协议，应积极与公司沟通，寻求协商解决方案，如停止违约行为、给予公司适当补偿等，以避免可能的法律纠纷。
   • 对于公司而言：在决定是否起诉时，应全面评估各种因素，包括协议的合法性、有效性，员工违约行为的严重性，以及起诉的成本与收益等。如果决定起诉，应充分收集证据，制定合理的诉讼策略。

四、实际案例与启示

在实际操作中，已有不少公司起诉员工违反竞业限制协议的案例。这些案例表明，只要竞业限制协议合法有效，且公司能够提供充分证据证明员工存在违约行为，公司就有可能通过法律途径维护自身权益。因此，无论是员工还是公司，都应重视竞业限制协议的签订和履行，以避免不必要的法律纠纷。

总结来说，公司是否会起诉员工违反竞业限制协议取决于多种因素的综合考量。如果你或你的公司面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。