用人单位认为劳动者违反竞业限制协议条款，确实可以提起劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：该法规定，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者之间因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议，均属于劳动争议范畴，适用该法进行调解和仲裁。竞业限制协议作为劳动合同的重要组成部分，其违约纠纷自然也被纳入劳动争议之中。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：该法条明确规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

二、劳动仲裁的必要性

1. 专业性：劳动争议仲裁委员会由熟悉劳动法律法规和相关政策的专家组成，他们具备处理劳动纠纷的专业知识和经验，能够确保案件的公正、准确审理。

2. 高效性：相较于诉讼程序，劳动仲裁的程序相对简便、快捷。这不仅能够节省当事人的时间和成本，还能迅速解决纠纷，维护双方的合法权益。

3. 法定程序：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动仲裁是诉讼前的必经程序。对仲裁裁决不服的，当事人才可以向人民法院提起诉讼。这一规定确保了劳动仲裁在解决劳动争议中的基础地位。

三、特殊情况说明

虽然一般情况下，用人单位认为劳动者违反竞业限制协议条款应先进行劳动仲裁，但也存在特殊情况。例如，如果用人单位以不正当竞争纠纷为由，认为劳动者的竞业限制行为构成了对其商业秘密的侵犯，且该行为同时违反了《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，那么用人单位可以直接向法院起诉并主张侵权责任。然而，这种情况在实践中相对较少见，且需要满足一定的条件和证据要求。

四、申请仲裁的流程与注意事项

1. 确定仲裁机构和提交申请：用人单位应向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书，并附副本。仲裁申请书需载明双方基本信息、仲裁请求、事实和理由。

2. 仲裁受理和准备：仲裁委员会审查并决定是否受理，一旦受理将通知双方，并组成仲裁庭。双方需在规定期限内提交证据和材料，准备庭审。

3. 仲裁审理和裁决：仲裁庭按法定程序开庭审理，双方陈述、辩论并提交证据。仲裁庭根据事实和法律作出裁决。

4. 注意事项：

   • 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。对于竞业限制相关的违约金或补偿金请求，通常也需在竞业限制期限届满后的一年内提起，除非有特殊情况。
   • 证据收集：用人单位应提前收集和保存相关证据，如竞业限制协议文本、支付经济补偿的记录、劳动者违反竞业限制的证据等。

五、后续诉讼与救济途径

如对仲裁裁决不服，用人单位可在法定期限内向人民法院提起诉讼，以进一步维护自身合法权益。

总结与建议：

用人单位认为劳动者违反竞业限制协议条款时，一般应先进行劳动仲裁。在处理此类纠纷时，建议用人单位首先尝试通过协商或调解的方式解决。如果协商或调解无果，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，并注重证据的收集和保留。同时，为了保障自己的合法权益，建议用人单位在签订竞业限制协议时就明确约定违约责任和争议解决方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。