结论：在您方无责、对方主责但只赔付一千元的情况下，是否可以进行代位追偿，需视具体情况而定，主要取决于您是否已从自己的保险公司获得足额赔偿，以及对方是否确实存在未赔偿的部分。以下是对此问题的详细分析：

一、代位追偿的基本概念

代位追偿是保险法中的一项重要制度，它指的是在财产保险中，因第三者对保险标的的损害而造成保险事故的，保险人自向被保险人赔偿保险金之日起，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。简言之，就是当您的保险公司赔了您之后，它就有权代替您去向造成损失的第三方（即对方）追偿。

二、代位追偿的适用条件

1. 保险事故的发生：必须存在保险事故，且该事故是由第三者的行为造成的。在您的情况下，交通事故就是保险事故，且对方是主责方。

2. 保险人已支付赔偿金：保险人（即您的保险公司）必须已经向您支付了赔偿金。这是代位追偿的前提条件，如果保险公司还没赔您，您就不能直接要求代位追偿。

3. 赔偿金额未超过保险金额：保险人支付的赔偿金不能超过其承保的保险金额。这个条件在您的情况下通常不是问题，因为交通事故的赔偿往往涉及多个方面，且保险公司会根据实际情况进行赔付。

4. 被保险人放弃对第三者的赔偿请求权需经保险人同意：如果您打算放弃对对方的赔偿请求权，必须得到保险公司的同意。否则，保险公司可能无法行使代位追偿权。

三、您情况下的代位追偿分析

1. 如果保险公司已足额赔偿：

   • 如果您的保险公司已经根据保险合同和实际情况，向您支付了足额的赔偿金（包括但不限于车辆损失、医疗费用等），那么保险公司就有权代替您去向对方追偿剩余的部分（如果对方确实只赔付了一千元，而实际损失远大于此）。
   • 在这种情况下，您可以向保险公司提出代位追偿的申请，并提供相关证据（如交通事故认定书、赔偿协议、对方只赔付一千元的证明等）。

2. 如果保险公司未足额赔偿或未赔偿：

   • 如果保险公司尚未向您支付赔偿金，或者支付的赔偿金不足以覆盖您的实际损失，那么您首先需要与保险公司协商解决赔偿问题。
   • 在保险公司未足额赔偿或未赔偿的情况下，您通常不能直接要求代位追偿，因为代位追偿的前提是保险公司已经向您支付了赔偿金。
   • 不过，您可以根据保险合同的约定和相关法律法规，向保险公司主张您的合法权益，要求其履行赔偿义务。

3. 对方确实无力赔偿或拒不赔偿：

   • 如果对方确实无力赔偿或拒不赔偿，且您已经从保险公司获得了足额赔偿，那么保险公司可以依法行使代位追偿权，向对方追偿剩余的部分。
   • 如果对方确实无力赔偿，且您未从保险公司获得足额赔偿，那么您可能需要考虑通过其他途径（如诉讼）来维护自己的合法权益。

四、建议与注意事项

1. 及时与保险公司沟通：在发生交通事故后，您应及时与保险公司沟通，了解赔偿流程和所需材料，以便尽快获得赔偿。

2. 保留相关证据：您应保留好与交通事故相关的所有证据（如交通事故认定书、医疗费用发票、车辆维修发票等），以便在需要时提供给保险公司或法院。

3. 咨询专业律师：如果您对代位追偿或交通事故赔偿有任何疑问或困惑，建议咨询专业律师（比如我），以便获得更具体、更专业的法律建议。

最后，代位追偿是一项复杂的法律制度，其适用条件和程序都受到严格限制。在您方无责、对方主责但只赔付一千元的情况下，是否可以进行代位追偿需视具体情况而定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。