结论前置：工资通过微信转账且未申报个税，在仲裁劳动关系时，这一事实本身不会直接否定劳动关系的存在，但可能影响工资数额的认定及用人单位的举证责任分配，同时可能涉及税务违法问题。以下从不同角度详细分析：

1. 劳动关系认定的核心要素：

   • 劳动关系的认定主要依据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），核心要素包括：用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
   • 工资支付方式（如微信转账）并非认定劳动关系的决定性因素。即使工资通过微信转账且未申报个税，只要满足上述核心要素，劳动关系仍可能被认定。

2. 工资数额认定及举证责任：

   • 在劳动仲裁中，工资数额的认定通常依据劳动合同、工资条、银行转账记录等证据。若工资通过微信转账且未申报个税，劳动者可能难以提供传统意义上的工资支付凭证。
   • 根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。因此，若用人单位无法提供合法有效的工资支付记录，可能承担举证不能的不利后果，仲裁机构可能采纳劳动者提供的微信转账记录等证据来认定工资数额。

3. 税务违法问题：

   • 工资未申报个税属于税务违法行为，可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
   • 税务违法问题虽不直接影响劳动关系的认定，但可能作为用人单位管理不规范的表现，在仲裁或诉讼中被提及，影响用人单位的信誉及仲裁员或法官对案件的整体判断。

4. 建议与风险提示：

   • 对劳动者：保留好微信转账记录、聊天记录等证据，以证明工资支付事实及劳动关系存在。同时，建议向用人单位提出补缴个税的要求，以维护自身合法权益并避免潜在税务风险。
   • 对用人单位：应规范工资支付方式，确保通过银行转账等可追溯的方式支付工资，并依法申报个税。若已存在微信转账且未申报个税的情况，应尽快补缴税款并整改工资支付方式，以降低法律风险。

总结：工资通过微信转账且未申报个税，在仲裁劳动关系时，主要影响工资数额的认定及用人单位的举证责任分配，同时可能涉及税务违法问题。但这一事实本身不会直接否定劳动关系的存在。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。