违反土地利用总体规划建设养殖棚，属于违法用地行为，将面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款等行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体处理方式需结合土地性质、违法情节及当地政策综合判断，以下是详细分析：

一、行政处罚措施（核心处理方式）

1. 责令退还土地
   根据《土地管理法》第77条，未经批准或采取欺骗手段骗取批准非法占用土地的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。若养殖棚占用的是集体所有土地或国有土地，均需无条件退还。

2. 限期拆除或没收地上建筑物

   • 拆除情形：若养殖棚占用的是永久基本农田或生态保护红线内土地，或虽为一般耕地但未办理农用地转用审批手续，通常会被责令限期拆除，恢复土地原状。
     
   • 没收情形：若占用的是建设用地（如集体建设用地）但未依法办理用地手续，可能被没收地上建筑物，并处罚款。

3. 罚款
   根据《土地管理法实施条例》第57条，罚款标准为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。具体金额需结合土地性质（如基本农田、一般耕地、建设用地）和违法情节（如占地面积、持续时间）确定。

二、刑事责任风险（情节严重时）

若养殖棚建设符合以下条件，可能构成非法占用农用地罪：

1. 占用永久基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上；
   
2. 造成耕地、林地等农用地大量毁坏（如硬化地面、破坏耕作层）；
   
3. 行为人主观上为故意（明知违法仍实施）。
   处罚：根据《刑法》第342条，可处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

三、特殊情形处理（需结合地方政策）

1. 设施农业用地政策
   若养殖棚属于设施农业用地（如生产设施、附属设施），且符合当地设施农业用地管理规定（如规模、选址要求），可能无需办理农用地转用审批，但需向乡镇政府备案并签订用地协议。若未备案或超范围建设，仍可能被认定为违法用地。

2. 历史遗留问题处理
   若养殖棚建于《土地管理法》修订前（如2019年8月26日前），且符合当时政策但未补办手续，可能适用“从旧兼从轻”原则，仅需补办手续而非强制拆除。但需以地方政策为准。

四、实务建议

1. 立即停止建设：若养殖棚正在建设，应立即停工，避免扩大违法后果。
   
2. 核查土地性质：通过当地自然资源部门查询土地规划用途，确认是否为农用地、基本农田或建设用地。
   
3. 补办手续可能性：若符合设施农业用地条件，可尝试补办备案手续；若不符合，需评估拆除成本与罚款金额，选择最优方案。
   
4. 行政复议或诉讼：若对处罚决定不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，但需注意诉讼期间不停止执行。

提示：土地利用政策具有较强地域性，建议携带土地权属证明、建设合同等材料，向当地自然资源部门或我进一步咨询，以制定针对性解决方案。