行政机关移送涉刑案件后，若公安机关以证据不足退卷，行政机关可采取以下措施：

1. 补充完善证据材料
   根据《刑事诉讼法》第五十五条，刑事案件立案需满足“犯罪事实清楚，证据确实充分”的标准。行政机关应重点核查：

   • 证据链条是否完整（如物证、书证、证人证言、鉴定意见等是否相互印证）；
     
   • 关键证据是否合法有效（如取证程序是否合规、证据形式是否符合要求）；
     
   • 是否存在遗漏的证据类型（如电子数据、监控录像等）。
     若存在证据缺陷，行政机关需在30日内补充完善，并重新移送公安机关。

2. 与公安机关沟通复核
   根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》第十一条，行政机关可要求公安机关出具《不予立案通知书》，并说明具体理由。若公安机关仅口头退卷，行政机关可要求其出具书面意见，明确证据不足的具体环节（如主体身份不明、主观故意存疑、客观行为未达刑事标准等），以便针对性补充证据。

3. 申请检察机关立案监督
   若公安机关无正当理由拒绝立案或退卷理由不成立，行政机关可依据《刑事诉讼法》第一百一十三条，向同级人民检察院申请立案监督。需提交以下材料：

   • 移送案件的书面报告及证据清单；
     
   • 公安机关退卷的书面意见（如有）；
     
   • 补充完善后的证据材料。
     检察机关将要求公安机关说明不立案理由，若理由不成立，将通知公安机关立案。

4. 考虑行政处罚的衔接
   根据《行政处罚法》第二十七条，若案件未达刑事立案标准但违反行政法规，行政机关应依法作出行政处罚，避免以移代管。例如，对涉案财物可先行查封、扣押，防止证据灭失；对违法行为人可采取行政强制措施，确保后续追责。

5. 防范程序风险

   • 避免“一事再罚”：若公安机关已立案后退卷，行政机关重新处罚需确保不违反“一事不再罚”原则；
     
   • 证据固定：对易灭失的证据（如电子数据、现场痕迹）需及时通过公证、鉴定等方式固定；
     
   • 内部监督：行政机关可启动内部审查程序，核查移送环节是否存在程序瑕疵（如未履行集体讨论、未依法告知当事人权利等）。

实务建议：行政机关在移送案件前，可邀请公安机关、检察机关提前介入，对证据标准、案件定性进行会商，降低退卷风险。若已退卷，建议委托律师对证据进行专业评估，制定补充取证方案或立案监督策略。