当刑事案件经过两次退回公安机关补充侦查后，依然证据不足时，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关法律规定，检察机关会依法作出相应处理。以下是对此情况的详细解答：
一、法律依据与处理原则
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第三款以及《人民检察院刑事诉讼规则》第三百六十七条的规定，对于二次补充侦查的案件，若人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这一处理原则体现了对证据充分性的严格要求，确保起诉的公正性和准确性。
二、检察机关的处理程序
审查认定证据不足：
- 检察机关在收到公安机关第二次补充侦查后的案卷材料后，会全面审查证据的合法性、关联性和证明力。
- 若关键事实仍缺乏必要证据支持，或现有证据无法形成完整证据链，检察机关将认定为证据不足。
作出不起诉决定：
- 法定不起诉：若证据不足以证明犯罪嫌疑人构成犯罪，检察机关将直接作出不起诉决定。
- 存疑不起诉：若因证据问题导致犯罪事实不清、证据不足，检察机关将作出存疑不起诉决定。
制作并送达法律文书：
- 检察机关需制作《不起诉决定书》，明确载明不起诉的理由和法律依据。
- 将决定书送达公安机关、被不起诉人及其辩护人，并告知被害人有权提出申诉。
释法说理与救济途径：
- 对被不起诉人进行释法说理，解释不起诉决定的合法性与合理性。
- 被害人若不服不起诉决定，可在7日内向上一级检察机关申诉；也可直接向人民法院提起自诉（仅限侵害人身、财产权利的案件）。
三、对各方的影响与处理建议
对公安机关的影响：
- 公安机关应尊重检察院的审查判断，配合后续工作。若认为不起诉决定有误，可申请复议复核，但需提供新证据或新的侦查方向。
- 检察机关的不起诉决定具有终局性，公安机关不得再行移送起诉（除非发现新证据）。
对被不起诉人的影响：
- 存疑不起诉并非无罪判决，但被不起诉人通常不会因此留下犯罪记录。
- 若后续发现新证据，检察机关仍可重新立案侦查。被不起诉人应保持警惕，如有新情况及时与检察机关沟通。
对被害人的救济：
- 被害人可通过申诉或自诉维护权益，但需承担举证责任。建议被害人积极配合检察机关的调查，或通过民事诉讼主张民事赔偿。
- 在申诉或自诉过程中，被害人应充分准备证据，以支持自己的主张。
四、综合建议
深入审查与寻找新证据：
- 公安机关应与检察机关紧密合作，仔细审查所有已收集的证据，评估其合法性和证明力。
- 积极寻找新证据或线索，包括重新走访现场、联系新证人等，必要时可聘请专业调查人员协助。
充分沟通与法律策略：
- 公安机关、检察机关以及犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人应充分沟通，了解各方陈述和辩解，鼓励提供新信息。
- 根据案件实际情况制定合适的法律策略，如与检察机关协商补充侦查等。
尊重法律程序：
- 所有参与方应严格遵守法律程序和规定，确保所有行为的合法性和正当性。
- 尊重并接受检察机关的最终决定，如有异议可依法提出申诉或自诉。
总之，当刑事案件经过两次退回公安机关补充侦查后依然证据不足时，检察机关将依法作出不起诉决定。各方应保持冷静和理性，积极寻找解决方案，并确保案件的合法、公正处理。