案子被检察院两次退回后仍证据不足，检察院应当依法作出不起诉的决定。这是基于我国刑事诉讼中的“疑罪从无”原则，即在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，不能判定其有罪。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕，且补充侦查以二次为限。如果经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这一规定体现了无罪推定和疑罪从无的原则，确保了犯罪嫌疑人的合法权益不受侵犯。

二、不起诉决定的后果

1. 释放被羁押者：如果被不起诉人当时正处于羁押状态，那么在检察院作出不起诉决定后，应立即得到释放。
2. 不起诉不等于绝对无辜：值得注意的是，不起诉的决定并不能完全等同于被不起诉人就是绝对无辜的。因为在未来的某个时刻，如果发现了新的证据能够有力地证明其确实有罪，那么仍然可以依法重新启动对该案的公诉程序。

三、后续可能的情况与应对

1. 新证据的出现：如果在不起诉决定作出后，发现了新的证据，且这些证据符合起诉条件，那么检察院可以重新启动公诉程序，对案件进行再次审查。
2. 案件的社会影响：在某些情况下，即使证据不足，案件也可能因为其社会影响较大而受到持续关注。这时，司法机关可能会更加谨慎地处理案件，确保公正和公平。
3. 犯罪嫌疑人的权益保护：在证据不足的情况下，犯罪嫌疑人应当依法维护自身权益，避免超期羁押等不合理对待。如果认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。

四、建议与注意事项

1. 保持沟通：如果您的案子被检察院两次退回且仍证据不足，建议您与检察院保持沟通，了解案件的最新进展和可能的结果。
2. 准备应对新证据：虽然目前证据不足，但您仍需做好应对新证据出现的准备。这包括保留相关证据、了解案件细节等。
3. 寻求法律帮助：如果您对案件的处理有疑问或需要进一步的法律帮助，可以随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和建议。

总之，案子被检察院两次退回后仍证据不足时，检察院应当依法作出不起诉的决定。但不起诉并不意味着案件的终结，您仍需关注案件的后续发展，并依法维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。