当检察院因证据不足两次将案件退回公安机关补充侦查后，若证据仍然不足，检察院应当依法作出不起诉决定。这一处理流程主要遵循我国《刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第三款的规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”这一条款明确了在证据不足情况下，检察院应如何处理案件的基本原则，即“疑罪从无”，旨在保护犯罪嫌疑人的合法权益，防止错误追诉。
二、具体处理步骤
审查案件材料：
- 检察院在收到公安机关再次移送的案件材料后，会进行详细的审查。
- 审查内容包括证据的合法性、关联性、真实性以及是否足以支持起诉等。
评估证据情况：
- 如果经过审查，检察院认为证据仍然不足，无法形成完整的证据链，或者关键证据缺失，导致案件事实不清、证据不确实、不充分，那么将依法作出不起诉决定。
作出不起诉决定：
- 检察院会制作不起诉决定书，明确说明不起诉的理由和依据。
- 不起诉决定书会送达给公安机关、被害人及其诉讼代理人等相关人员。
后续处理：
- 对于被不起诉人，如果其在押，检察院会立即释放；如果被采取其他强制措施，也会及时解除。
- 被害人如果对不起诉决定不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉；也可以直接向人民法院起诉。
三、特殊情况下的处理
新证据出现：
- 如果在作出不起诉决定后，发现了新的证据，且这些证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，检察院可以重新立案侦查或提起公诉。
其他机关介入：
- 在某些情况下，如涉及国家工作人员职务犯罪等，监察机关可能会介入调查，并根据调查结果决定是否移送检察院审查起诉。
四、对被不起诉人的影响及救济途径
解除强制措施：
- 一旦检察院作出不起诉决定，若犯罪嫌疑人在侦查或审查起诉阶段被采取了强制措施（如拘留、逮捕等），应立即解除这些强制措施，恢复其人身自由。
封存相关记录（特定情况）：
- 对于未成年人犯罪案件，若检察院作出不起诉决定，应按照法律规定对相关犯罪记录予以封存，以保护未成年人的隐私和未来发展。
公安机关的异议与复议复核：
- 公安机关若认为检察院的不起诉决定有错误，可以要求复议；若意见不被接受，还可向上一级人民检察院提请复核，以确保司法决定的公正性和准确性。
被害人的申诉：
- 被害人对检察院的不起诉决定不服的，可在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应将复查决定告知被害人，以保障其合法权益。
五、其他可能的不起诉情形
- 若公安机关补充侦查后移送审查起诉，检察院审查时发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或有《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的（如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等），也应作出不起诉决定。
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
综上所述，当检察院因证据不足两次退回案件给公安机关时，公安机关应进行补充侦查但次数受限。若经两次补充侦查后证据仍不足，检察院应依法作出不起诉决定，并妥善处理被不起诉人及相关记录。同时，公安机关和被害人也享有相应的监督和救济途径。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。