结论：当刑事案件因证据不足被退回补充侦查两次后，若检察院仍认为证据不足、不符合起诉条件，应当作出不起诉决定。不过，也存在一些特殊情况或后续可能的发展路径，下面我将从多个角度为您详细分析。
一、法定不起诉的情形与后果
法定不起诉的适用情形：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，若现有证据表明犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的法定不追责情形（如情节显著轻微、已过追诉时效等），检察院应当作出法定不起诉决定。
处理结果：
- 检察院作出法定不起诉决定后，应立即释放被羁押的犯罪嫌疑人，并解除对其采取的强制措施，如取保候审、监视居住等。
- 同时，对于在侦查过程中查封、扣押、冻结的财物，也应予以解除。
二、存疑不起诉的情形与后果
存疑不起诉的适用情形：
- 若经两次退侦后，检察院仍认为证据存在疑问，无法达到起诉标准，即事实不清、证据不足，可以作出存疑不起诉决定。
处理结果：
- 检察院作出存疑不起诉决定后，同样应释放被羁押的犯罪嫌疑人，并解除相关强制措施。
- 此类案件未来若发现新证据，检察院有权重新启动公诉程序。
三、特殊情况下的处理
检察院坚持起诉：
- 尽管经过两次退侦，若检察院认为现有证据已达到“事实清楚，证据确实充分”的标准，仍可提起公诉。
- 在此情况下，案件将移送至法院进行审判。若法院经审理认为证据不足，不能认定被告人有罪，则应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
被害人或公安机关的救济途径：
- 被害人若对检察院的不起诉决定不服，可在收到决定书后七日内向上一级检察院申诉，请求提起公诉。
- 公安机关若认为不起诉决定有误，可要求复议，意见不被接受时可向上一级检察院提请复核。
四、法律建议与后续行动
对于犯罪嫌疑人：
- 若案件因证据不足被两次退侦后，您应密切关注检察院的决定，并准备好相应的法律文件或证据，以应对可能出现的重新起诉或法院审判。
- 若您被羁押，一旦检察院作出不起诉决定，应立即要求释放并解除强制措施。
对于被害人：
- 若您对检察院的不起诉决定不服，应及时向上一级检察院申诉，并准备好相关证据和材料以支持您的请求。
- 您也可以考虑直接向人民法院提起自诉，但需注意自诉案件的受理范围限制。
总结与启示：刑事案件因证据不足被两次退侦后，检察院的处理方式主要围绕不起诉决定展开。这既体现了刑事诉讼中对证据严谨性的高要求，也保护了犯罪嫌疑人的合法权益。不过，案件的处理并非一成不变，新证据的发现或检察院的坚持起诉都可能改变案件的走向。因此，无论您是犯罪嫌疑人还是被害人，都应密切关注案件进展，并准备好相应的法律策略以应对可能的变化。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。