案件被退回两次且次要证据缺失的情况下，可能会面临以下几种法律后果和处理方式：

1. 案件可能继续补充侦查：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果案件在审查起诉阶段被退回补充侦查，且是因为证据不足或证据存在瑕疵，检察机关通常会要求侦查机关进一步补充证据。若案件被退回两次，且主要证据已经充分，但次要证据缺失，侦查机关可能会针对缺失的次要证据进行补充侦查，以完善案件证据链。
   • 法律建议：在此情况下，嫌疑人或被告人应积极配合侦查机关的工作，如实提供相关信息，以便侦查机关能够尽快补充完善证据。同时，也可以委托律师与侦查机关沟通，了解案件进展，确保自身权益不受侵害。

2. 案件可能被不起诉或撤销：

   • 如果经过两次补充侦查，案件仍然证据不足，无法达到起诉的标准，检察机关可能会作出不起诉的决定。特别是当缺失的次要证据对于案件定罪量刑具有关键作用时，证据不足可能导致案件无法继续推进。
   • 法律建议：若案件面临不起诉或撤销的风险，嫌疑人或被告人应咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果。律师可以协助分析案件情况，提供法律意见，甚至在必要时代表嫌疑人或被告人与检察机关进行沟通协商。

3. 案件可能进入审判阶段，但证据问题可能影响定罪量刑：

   • 即使案件进入审判阶段，如果次要证据缺失，也可能对定罪量刑产生影响。法院在审理案件时，会综合考虑所有证据，包括主要证据和次要证据。如果次要证据缺失，可能导致法院对案件事实的认定存在困难，从而影响定罪量刑的准确性。
   • 法律建议：在审判阶段，嫌疑人或被告人应委托专业律师进行辩护。律师可以针对证据问题提出辩护意见，争取对嫌疑人或被告人有利的判决结果。同时，律师还可以协助嫌疑人或被告人准备相关证据材料，以支持其辩护主张。

4. 可能面临更严格的审查标准：

   • 当案件被退回两次时，检察机关和法院可能会对案件的审查标准更加严格。他们可能会更加仔细地审查案件证据，确保案件事实清楚、证据确实充分。因此，缺失次要证据可能会使案件面临更大的审查压力。
   • 法律建议：在此情况下，嫌疑人或被告人应更加重视案件证据的收集和整理工作。他们应积极配合律师的工作，提供所有可能的证据材料，以便律师能够更好地为他们进行辩护。

总结与进一步行动建议：

案件被退回两次且次要证据缺失是一个复杂而敏感的问题。它可能涉及多个法律环节和多种法律后果。因此，我建议嫌疑人或被告人在此情况下务必保持冷静，积极配合侦查机关和检察机关的工作，并尽快委托专业律师进行法律咨询和辩护。律师将能够根据案件具体情况提供针对性的法律建议和辩护策略，以最大程度地保护嫌疑人或被告人的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。