当公安局提交案子到检察院，但证据不足时，检察院会按照以下流程进行处理：

首先，检察院在审查起诉阶段，如果认为案件证据不充足，它有两种选择：一是将案件退回公安机关，要求其进行补充侦查；二是检察院自行进行侦查，以进一步收集和完善证据。这里需要注意的是，补充侦查的次数是有限制的，以二次为限，且每次补充侦查的期限为一个月。

在第一次补充侦查后，如果检察院认为证据仍然不充足，那么它有权作出不起诉的决定。这意味着，如果经过一次补充侦查后，证据仍然无法达到起诉的标准，检察院可以选择不将案件提交给法院进行审判。

如果进行了第二次补充侦查，但证据仍然不足，那么检察院应当作出不起诉的决定，这被称为“存疑不起诉”。在这种情况下，由于证据不足以支持起诉，检察院将不会对犯罪嫌疑人提起公诉。

对于被不起诉人，如果他们在押，应当立即被释放。这是基于人权保障的原则，确保无辜或证据不足的人不会长时间被剥夺自由。

另外，如果被害人对检察院的不起诉决定不服，他们有权在收到决定书后的七日以内向上一级检察院提出申诉，或者选择不经过申诉，直接向法院提起诉讼。这提供了被害人进一步寻求法律救济的途径。

总的来说，当公安局提交案子到检察院但证据不足时，检察院会通过补充侦查或自行侦查来完善证据。如果经过两次补充侦查后证据仍然不足，检察院将作出不起诉的决定。这一流程既体现了法律的严谨性，也保障了犯罪嫌疑人和被害人的合法权益。