在商品房合同纠纷中，当当事人对格式条款的解释存在不一致时，法院通常会依据法律规定和合同解释原则来处理，核心在于探寻双方当事人的真实意思表示，并兼顾公平原则。以下从几个关键角度进行详细分析：

1. 格式条款的解释原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。这意味着，法院会首先考虑一个普通、理性的人在签订合同时，对该条款的通常理解。
   • 若格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。这一原则体现了对弱势方的保护，防止提供格式条款的一方利用其优势地位，制定对己有利的条款。

2. 法院的具体处理方式：

   • 审查合同条款：法院会首先审查合同中的格式条款，确定其是否明确、无歧义。如果条款本身清晰明确，且双方对条款的理解无争议，则直接按照条款内容执行。
   • 考虑交易习惯和行业惯例：在解释格式条款时，法院会考虑交易习惯和行业惯例，以判断双方当事人的真实意思表示。这有助于更准确地理解条款的含义和目的。
   • 询问当事人意图：如果条款存在歧义，且无法通过通常理解或交易习惯来确定其含义，法院可能会询问双方当事人的意图，以探寻其真实意思表示。
   • 参考其他证据：在必要时，法院还会参考其他证据，如合同签订前的谈判记录、往来函件等，以辅助理解格式条款的含义。

3. 实际案例中的处理：

   • 在具体案例中，法院会根据上述原则和方法，对格式条款进行解释和判断。例如，如果开发商提供的商品房买卖合同中，关于交房时间的条款存在歧义，且双方对此理解不一致，法院可能会根据通常理解、交易习惯以及双方当事人的意图，来判定具体的交房时间。
   • 如果格式条款被认定为无效或可撤销（如因显失公平、欺诈等原因），法院将不会依据该条款来判决，而是会根据法律规定和公平原则，对双方的权利义务进行重新分配。

4. 对当事人的建议：

   • 在签订合同时：双方应仔细阅读合同条款，特别是格式条款部分，确保理解其含义和后果。如有疑问或不明确之处，应及时向对方提出并协商修改。
   • 在争议发生时：当事人应保留好相关证据，如合同文本、往来函件、谈判记录等，以便在诉讼或仲裁中证明自己的主张。
   • 寻求法律帮助：如果当事人对格式条款的解释存在争议，且无法自行解决，应及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，在商品房合同纠纷中，当当事人对格式条款的解释存在不一致时，法院会依据法律规定和合同解释原则来处理，旨在探寻双方当事人的真实意思表示，并兼顾公平原则。因此，当事人在签订合同时应谨慎对待格式条款，并在争议发生时及时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。