在职死亡的机关工人一般不需要进行年终考核。以下从不同角度进行分析：
考核的目的与对象：年终考核主要是为了评估在职员工在一定时期内的工作表现、工作成果以及职业素养等，以此作为晋升、奖惩、培训等人事决策的依据。而死亡的机关工人已经无法继续履行工作职责，也不再处于在职状态，因此从考核的目的和对象角度来看，对其进行年终考核没有实际意义。
相关法律法规与政策依据：目前并没有明确的法律法规或政策规定要求对在职死亡的机关工人进行年终考核。机关单位的考核制度通常是针对在职人员的，对于已经去世的人员，相关的人事管理流程会按照死亡后的处理程序进行，如办理死亡证明、抚恤金发放、档案整理等，而不涉及年终考核。
实际操作层面：从实际操作的角度来看，对在职死亡的机关工人进行年终考核也存在诸多困难。例如，无法收集其工作表现的相关信息，无法进行面谈或民主测评等考核环节，也无法根据考核结果进行相应的人事决策。因此，实际操作中一般不会对在职死亡的机关工人进行年终考核。
特殊情况说明：如果机关单位有特殊的内部规定或历史惯例，要求对在职死亡的工人进行某种形式的“考核”或“评估”（这种考核或评估可能与常规的年终考核有所不同，更多是为了整理档案或了解情况），那么这种情况需要具体查看该单位的相关规定。但即便如此，这种“考核”或“评估”也不应等同于常规的年终考核，且应遵循合法、合理、尊重逝者的原则。