结论：公司回函称你“申请辞职”这一表述本身并不一定不合法，但关键在于回函内容是否真实反映了你的辞职意愿以及双方是否就辞职事宜达成一致。以下从不同角度为你详细分析：
一、从辞职流程的合法性角度
辞职申请的提出：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权提前通知用人单位解除劳动合同。通常，劳动者需要以书面形式向用人单位提出辞职申请，并明确辞职的意愿和离职日期。
- 如果你确实向公司提出了辞职申请，并且公司回函只是确认了这一事实，那么回函中的“申请辞职”表述是合法的，因为它只是对你辞职行为的确认。
辞职申请的确认与回函：
- 公司收到你的辞职申请后，有权进行确认并回函。回函的内容应当真实、准确，反映你的辞职意愿和公司的接收情况。
- 如果公司回函中的“申请辞职”表述与你实际提出的辞职申请内容一致，且没有添加任何误导性或虚假的信息，那么这一表述是合法的。
二、从回函内容的真实性角度
回函内容与事实不符：
- 如果公司回函中的“申请辞职”表述与你实际提出的辞职申请内容不符，或者公司擅自更改了你的辞职意愿（例如，将你提出的“协商解除劳动合同”改为“申请辞职”），那么这一表述可能是不合法的。
- 在这种情况下，你有权要求公司更正回函内容，以确保其真实反映你的辞职意愿和双方的协商情况。
回函作为证据：
- 回函通常作为双方就辞职事宜达成一致的证据。如果回函内容不真实或存在误导性信息，可能会影响你在后续劳动争议中的权益。
- 因此，在收到公司回函后，务必仔细核对回函内容，确保其与你的辞职申请和双方的协商情况一致。
三、从法律后果与维权角度
法律后果：
- 如果公司回函内容真实、准确，且双方就辞职事宜达成一致，那么这一回函通常不会引发法律后果。
- 如果公司回函内容不真实或存在误导性信息，导致你在后续劳动争议中处于不利地位，你可能需要承担举证责任来证明回函内容的不真实性。
维权建议：
- 如果你认为公司回函内容不真实或存在误导性信息，可以与公司进行沟通协商，要求更正回函内容。
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，务必提供充分的证据来证明你的辞职意愿和公司的回函内容存在不一致之处。
建议：在处理辞职事宜时，务必保持谨慎和理性。在提出辞职申请前，仔细阅读劳动合同和相关法律法规，了解自己的权利和义务。在收到公司回函后，仔细核对回函内容，确保其与你的辞职申请和双方的协商情况一致。如果有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。