行政诉讼中，被告开庭后补交的经过上级部门审批下来的文件，在一定条件下是可以作为证据使用的，但并非绝对。以下从几个方面为你详细分析：
一、证据提交的时间节点与法院的审查
在行政诉讼中，证据的提交通常有一定的时间限制。根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，被告应当在收到起诉状副本之日起十五日内向人民法院提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，并提出答辩状。然而，这并不意味着被告在开庭后就不能再提交证据。如果被告因正当事由不能在规定期限内提供证据，或者法院认为有必要在开庭后接受被告补充的证据，那么被告在开庭后补交的证据是有可能被法院接受的。
对于你提到的“经过上级部门审批下来的文件”，如果这份文件是被告作出行政行为时所依据的，且因正当事由（如审批流程较长、文件获取困难等）未能在规定期限内提交，同时该文件对于证明行政行为的合法性具有关键作用，那么法院在审查后是有可能接受这份证据的。
二、证据的合法性、真实性与关联性
无论证据是在何时提交，都必须满足合法性、真实性和关联性的要求。对于你提到的文件：
合法性：文件必须是通过合法途径获取的，且内容不违反法律法规的规定。如果文件是通过非法手段获取的，或者内容违法，那么这份文件是不能作为证据使用的。
真实性：文件必须是真实存在的，且内容未被篡改或伪造。如果文件存在虚假或伪造的情况，那么这份文件也是不能作为证据使用的。
关联性：文件必须与案件事实具有关联性，能够证明行政行为的合法性或违法性。如果文件与案件事实无关，或者无法证明行政行为的合法性或违法性，那么这份文件同样不能作为证据使用。
三、实际操作中的建议
及时沟通：如果被告确实需要在开庭后补交证据，建议及时与法院沟通，说明补交证据的原因和必要性，并提交相应的申请。
准备充分：在补交证据时，被告应准备充分的材料来证明证据的合法性、真实性和关联性，以便法院能够顺利接受这份证据。
尊重法院裁决：最终是否接受补交的证据，由法院根据案件事实和法律规定进行裁决。被告应尊重法院的裁决结果，并据此进行后续的诉讼活动。
总结来说，行政诉讼中被告开庭后补交的经过上级部门审批下来的文件，在一定条件下是可以作为证据使用的。但具体是否接受，还需要法院根据案件事实和法律规定进行审查。如果你在这方面还有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。