法院要求被告行政机关补充审批文件作为证据，并不与“法院不得为证明行政行为的合法性而主动收集证据”的原则相违背。以下是对这一问题的详细分析：
一、法院在行政诉讼中的证据收集原则
在行政诉讼中，法院通常遵循“不主动收集证据以证明行政行为合法性”的原则。这一原则的核心在于，行政行为的合法性应当由行政机关在作出行政行为时自行确保，并承担相应的举证责任。法院在行政诉讼中的角色主要是审查行政机关提供的证据，判断行政行为是否合法，而非主动为行政机关收集证据。
二、法院要求补充证据的特殊情况
然而，这一原则并非绝对。在特定情况下，法院可以要求行政机关补充证据。这些情况通常包括：
证据不足或存在瑕疵：如果行政机关提供的证据不足以证明其行政行为的合法性，或者证据存在瑕疵（如证据不完整、不清晰等），法院可以要求行政机关补充相关证据。
涉及公共利益或重大社会影响：在某些涉及公共利益或重大社会影响的案件中，为了更全面地了解案件事实，法院可能会要求行政机关补充证据。
当事人申请或法院认为必要：如果当事人申请法院要求行政机关补充证据，或者法院认为为了公正审理案件有必要要求行政机关补充证据，法院也可以作出这样的决定。
三、补充审批文件作为证据的合法性
在您提到的情况中，法院要求被告行政机关补充审批文件作为证据，很可能是基于上述某种或多种情况。审批文件作为行政机关作出行政行为的重要依据，对于证明行政行为的合法性具有关键作用。如果行政机关在最初提交证据时未能提供完整的审批文件，或者法院认为审批文件对于全面了解案件事实至关重要，那么法院要求行政机关补充审批文件作为证据是合法且合理的。
四、法律后果与建议
法律后果：如果行政机关未能按照法院的要求补充审批文件或其他相关证据，可能会面临不利后果，如法院可能认定其行政行为缺乏合法性依据而予以撤销或变更。
建议：对于行政机关而言，在行政诉讼中应积极配合法院的证据收集工作，及时提供完整、清晰的证据材料。对于当事人而言，如果认为行政机关的行政行为缺乏合法性依据，可以积极向法院提供相关证据或申请法院要求行政机关补充证据。
如果您在行政诉讼中遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。