结论：没及时回复消息被扣绩效是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、是否经过民主程序制定、是否公示或告知劳动者，以及未及时回复消息是否构成严重违反规章制度等。
分析：
公司规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司规章制度中明确规定了未及时回复消息将扣绩效，且该制度经过了民主程序制定、公示或告知了劳动者，那么该制度在形式上可能是合法的。
未及时回复消息是否构成严重违反规章制度：
- 即便公司规章制度合法，也需考虑未及时回复消息是否构成严重违反规章制度。这通常取决于未及时回复消息的性质、后果以及公司的具体规定。
- 如果未及时回复消息并未对公司造成重大损失或影响，且公司规章制度中未明确将此类行为列为严重违反规章制度，那么公司以此为由扣绩效可能缺乏合理性。
实际操作中的合理性：
- 在实际操作中，公司应合理设定绩效考核标准，确保考核标准与劳动者的工作内容、岗位职责等紧密相关，且能够客观、公正地反映劳动者的工作表现。
- 如果公司仅因劳动者未及时回复消息就扣绩效，而未考虑其他因素（如劳动者的工作成果、工作态度等），那么这种做法可能缺乏合理性，甚至可能构成对劳动者权益的侵害。
建议：
- 劳动者：如果认为公司扣绩效的行为不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣绩效的具体理由和依据。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司：在制定和执行规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，充分保障劳动者的权益。同时，应合理设定绩效考核标准，确保考核标准的客观性和公正性。
示例：
假设某公司规章制度中规定：“员工需及时回复工作消息，否则将扣减当月绩效工资。”但该制度未经职工代表大会讨论，也未公示或告知劳动者。在此情况下，如果公司以员工未及时回复消息为由扣绩效，那么该行为可能因规章制度不合法而无效。
另外，如果公司规章制度合法且已公示或告知劳动者，但员工未及时回复的消息并未对公司造成重大影响，且公司规章制度中未明确将此类行为列为严重违反规章制度，那么公司以此为由扣绩效也可能缺乏合理性。
总之，没及时回复消息被扣绩效是否合法，需根据具体情况判断。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。