结论：厂里以旷工为由开除员工并停发工资是否违法，需根据具体情况判断，包括旷工事实是否成立、公司规章制度是否合法有效、解除劳动合同程序是否合法等。以下从不同角度详细分析：

一、旷工事实的认定

1. 旷工定义：旷工通常指员工无正当理由未到岗工作，且未履行请假手续或请假未获批准的情况。
2. 证据要求：公司需提供充分证据证明员工旷工，如考勤记录、请假单、工作安排通知等。若公司无法提供有效证据，则可能承担举证不能的不利后果。

二、公司规章制度的合法性

1. 规章制度制定程序：根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并向员工公示或告知。若规章制度未经民主程序制定或未公示，则可能无效。
2. 规章制度内容合法性：规章制度中关于旷工和解除劳动合同的规定需符合法律法规，不得侵犯员工合法权益。例如，规章制度中规定的旷工天数达到解除劳动合同的标准需合理，且不得与法律法规相冲突。

三、解除劳动合同程序的合法性

1. 通知义务：公司以旷工为由解除劳动合同前，需通知员工并听取其陈述和申辩。若公司未履行通知义务或未听取员工意见，则可能构成违法解除。
2. 工会程序：根据《劳动合同法》第四十三条，公司单方解除劳动合同需事先将理由通知工会。若公司未通知工会或工会提出异议后未处理，则可能构成违法解除。

四、工资停发的合法性

1. 工资支付义务：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。即使员工旷工，公司也需支付其实际出勤期间的工资。
2. 扣减工资限制：若公司规章制度中规定了旷工扣减工资的规定，需符合法律法规和规章制度的要求。例如，扣减工资的比例需合理，且不得低于当地最低工资标准。

五、具体情形分析

1. 若旷工事实成立、规章制度合法有效、解除劳动合同程序合法：公司以旷工为由开除员工并停发工资（仅停发旷工期间工资，实际出勤期间工资需支付）可能不违法。但需注意，若公司规章制度中规定了更严厉的处罚措施（如全额扣减工资），则可能因违反法律法规而无效。
2. 若旷工事实不成立、规章制度不合法或解除劳动合同程序不合法：公司以旷工为由开除员工并停发工资则构成违法解除和拖欠工资，员工有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金和拖欠的工资。

六、建议

1. 员工角度：若认为公司解除劳动合同和停发工资的行为违法，可收集相关证据（如考勤记录、工资条、规章制度等）向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
2. 公司角度：在解除劳动合同和停发工资前，需确保旷工事实成立、规章制度合法有效、解除劳动合同程序合法，并妥善保存相关证据以应对可能的劳动争议。

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