结论：劳动争议案件中，即使企业已经进行了赔偿，法院仍有可能进行判决，具体取决于赔偿的合法性、完整性以及是否经过法定程序确认。
分析说明：
赔偿的合法性与完整性：
- 企业进行的赔偿必须基于合法的依据，如劳动合同、劳动法规或双方协商达成的协议。
- 赔偿的内容应涵盖劳动争议的所有方面，包括但不限于工资、加班费、经济补偿金、社会保险等。
- 如果企业的赔偿存在遗漏或不符合法律规定，劳动者仍有权向法院提起诉讼，要求法院进行判决以维护自身权益。
法定程序的确认：
- 即使企业已经进行了赔偿，但如果这一赔偿行为没有经过法定程序（如劳动仲裁或法院调解）的确认，那么其法律效力可能受到质疑。
- 在某些情况下，企业可能私下与劳动者达成赔偿协议，但这种协议可能因缺乏法定程序的支持而无法对抗第三方的权益或无法在法律上得到全面认可。
- 因此，为了确保赔偿的合法性和有效性，建议企业和劳动者在达成赔偿协议后，通过劳动仲裁或法院调解等法定程序进行确认。
法院判决的独立性：
- 法院在审理劳动争议案件时，会独立审查案件事实、证据和法律规定，不受企业或劳动者之前自行协商或赔偿行为的影响。
- 如果法院认为企业的赔偿行为存在违法或不当之处，或者劳动者的诉求合理且符合法律规定，法院仍有权作出判决，要求企业进行进一步的赔偿或采取其他法律措施。
特殊场景：
- 在某些情况下，企业和劳动者可能通过协商达成赔偿协议，并约定该协议具有终局性，即双方放弃向法院提起诉讼的权利。然而，这种约定必须符合法律规定，且不得损害劳动者的合法权益。如果约定存在违法或不当之处，劳动者仍有权向法院提起诉讼。
行动建议：
- 对于企业而言，在处理劳动争议案件时，应确保赔偿的合法性和完整性，并尽可能通过法定程序进行确认，以降低法律风险。
- 对于劳动者而言，如果认为企业的赔偿行为存在违法或不当之处，或者自身的权益未得到充分保障，应及时向法院提起诉讼，要求法院进行判决。
- 在任何情况下，都建议企业和劳动者在处理劳动争议时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
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