结论：在您描述的情况下，法院按借款合同判决公司还款，该判决是否有效需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

1. 借款合同效力与款项交付的关系

   • 合同效力：借款合同自双方达成合意并签字（或盖章）时成立并生效，这是合同的基本原理。合同生效后，双方应按照合同约定履行各自义务。
   • 款项交付：在借款合同中，出借人将款项交付给借款人通常是合同履行的重要环节。然而，款项未交付并不必然导致合同无效或判决错误。法院在判决时，会综合考虑合同内容、双方交易习惯、证据情况等因素。

2. 法院判决的依据与合理性

   • 判决依据：法院在审理借款合同纠纷时，会依据《民法典》等相关法律法规，结合双方提交的证据，判断合同是否成立、生效以及双方是否履行了合同义务。
   • 合理性分析：
     • 如果法院在判决时，认为虽然款项未实际交付，但双方有明确的借款合意，且出借人能够证明其已准备好款项并具备交付能力（如提供转账记录、取款记录等），同时借款人未能提供充分证据证明款项未交付或合同存在其他无效情形，法院可能会判决公司还款。
     • 另一方面，如果公司能够提供充分证据证明款项确实未交付，且出借人无法证明其已履行交付义务，那么公司可以依法提起上诉或申请再审，请求撤销原判决。

3. 公司可能的法律救济途径

   • 上诉：如果公司认为一审判决存在错误，可以在法定期限内向上一级法院提起上诉，请求撤销原判决并改判。
   • 申请再审：如果公司错过了上诉期限，或者认为二审判决仍存在错误，可以依法向法院申请再审，请求对案件进行重新审理。
   • 抗辩与举证：在诉讼过程中，公司应积极行使抗辩权，提供充分证据证明款项未交付或合同存在其他无效情形，以维护自身合法权益。

4. 风险提示与建议

   • 风险提示：借款合同纠纷涉及双方重大利益，公司应高度重视并妥善处理。如果判决生效且公司未履行还款义务，可能会面临强制执行、信用受损等法律后果。
   • 建议：
     • 公司应尽快收集相关证据，包括合同、转账记录、沟通记录等，以证明款项未交付或合同存在其他无效情形。
     • 咨询专业律师，了解具体法律程序和策略，制定合适的诉讼或和解方案。
     • 在诉讼过程中保持积极态度，配合法院审理工作，争取最有利的结果。

总结：法院按借款合同判决公司还款，该判决是否有效需根据具体情况判断。公司应积极收集证据、咨询专业律师并采取合适的法律救济途径来维护自身权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。