在合同纠纷案件中，若原告主张合同有效而法院最终认定合同无效，法院将依据无效合同的法律后果进行判决，判决结果会因具体案情而有所不同，但核心原则是恢复原状、赔偿损失等。以下从几个关键角度进行详细分析：

1. 合同无效的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，合同中约定的权利义务关系不再受法律保护，双方需恢复到合同签订前的状态。
   • 法院在判决时，会首先考虑如何恢复原状。例如，如果一方已经支付了款项，法院可能会判决另一方返还该款项；如果一方已经交付了货物，法院可能会判决另一方返还货物或支付相应的价款。

2. 赔偿损失的考量：

   • 除了恢复原状外，法院还会考虑因合同无效而给一方或双方造成的损失，并据此判决赔偿。赔偿的范围通常包括直接损失和间接损失，但具体赔偿数额需根据案件实际情况和证据来确定。
   • 例如，如果因合同无效导致一方错过了商业机会，造成了预期利益的损失，法院可能会根据相关证据和法律规定，酌情判决赔偿一定的预期利益损失。但需要注意的是，预期利益的赔偿通常受到一定限制，如需证明该损失是合理且可预见的。

3. 过错责任的划分：

   • 在判决赔偿损失时，法院还会考虑双方在合同签订和履行过程中的过错程度。如果一方存在故意或重大过失导致合同无效，那么该方可能需要承担更多的赔偿责任。
   • 例如，如果一方在签订合同时故意隐瞒了重要事实，导致另一方在不知情的情况下签订了无效合同，那么隐瞒事实的一方可能需要承担全部或大部分的赔偿责任。

4. 具体判决的灵活性：

   • 法院在判决时还会考虑案件的具体情况和公平原则。例如，如果合同无效是因为法律、行政法规的强制性规定导致的，那么法院在判决时可能会更加注重保护弱势方的利益，避免机械地适用法律条文导致不公平的结果。
   • 此外，法院在判决时还可能考虑双方的经济状况、履行能力等因素，以确保判决的可行性和合理性。

举例说明： 假设甲、乙双方签订了一份买卖合同，约定甲向乙购买一批货物，并支付了定金。但后来因货物存在质量问题，合同被法院认定无效。在此情况下，法院可能会判决乙返还甲支付的定金，并赔偿甲因货物质量问题而遭受的直接损失（如运输费、检验费等）。如果甲还能证明因货物质量问题导致了其他间接损失（如因无法及时使用货物而错过的商业机会），且该损失是合理且可预见的，法院也可能会酌情判决乙赔偿一定的间接损失。

总结与建议： 在合同纠纷案件中，如果原告主张合同有效而法院认定合同无效，判决结果将取决于合同无效的法律后果、双方的过错程度、具体案情以及公平原则等多种因素。因此，在面临此类情况时，建议当事人及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并制定合理的诉讼策略。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。