结论：公司扣除你半天假对应的六分之一全额绩效540元是否合法，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及扣除行为是否合理等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 如果公司规章制度中明确规定了请假与绩效扣除的对应关系，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并已公示或告知劳动者，那么该规章制度在内容不违反法律、行政法规及政策规定，且已向劳动者公示的前提下，是合法的。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了请假与绩效扣除的具体条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣除绩效是合法的。
二、扣除行为的合理性
比例原则：
- 即使公司规章制度或劳动合同中有相关规定，扣除的绩效比例也应当合理。半天假扣除六分之一全额绩效540元，相当于半天工资（假设绩效与工资挂钩且比例合理）的较高比例扣除，这可能引发合理性争议。
- 合理性判断需考虑行业惯例、公司实际情况以及扣除行为对劳动者生活的影响等因素。
目的正当性：
- 公司扣除绩效的目的应当是为了维护正常的生产秩序或激励员工，而非滥用管理权或变相克扣工资。
- 如果扣除行为缺乏正当目的，或者目的与扣除行为之间缺乏合理联系，那么该扣除行为可能被视为不合法。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果公司扣除绩效的行为违反了法律法规或劳动合同约定，劳动者有权要求公司返还被扣除的绩效，并可能依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规要求公司支付赔偿金。
建议：
- 与公司沟通：首先尝试与公司沟通，了解扣除绩效的具体原因和依据，看是否能够达成和解。
- 申请劳动仲裁：如果沟通无果，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的绩效并支付可能的赔偿金。
- 咨询专业律师：在申请劳动仲裁前或过程中，如有需要，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。
示例说明：假设你的月绩效为3240元（540元*6），月工资也为相应比例（假设绩效占工资一定比例），那么半天假扣除540元绩效可能相当于扣除了你半天工资的较高比例。如果这种扣除比例在行业内或公司内部并不常见，且缺乏合理依据，那么该扣除行为可能被视为不合法。