学校考勤制度中规定只有住院病假或者医院出具的疗养证明才能算病假，这一规定是否合理，需要从多个角度进行分析：
从法律层面来看：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》（虽主要针对企业职工，但其中的原则性规定对学校等用人单位也有参考价值）以及《劳动法》的相关规定，员工（或教职工）因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，用人单位应当给予一定的医疗期，并在此期间支付病假工资或疾病救济费。这里的“患病”并未限定为必须住院或需要医院出具的疗养证明，而是指一般的疾病状态。
- 因此，学校将病假的认定条件过于严格地限定为住院或医院出具的疗养证明，可能缺乏法律依据，且可能侵犯了教职工的合法权益。
从合理性角度来看：
- 病假制度的设立初衷是为了保障教职工在患病时能够得到必要的休息和治疗，以维护其身体健康和工作能力。如果学校将病假的认定条件设置得过于苛刻，可能会导致一些真正需要休息的教职工无法获得病假，从而影响其身体健康和工作效率。
- 此外，并非所有疾病都需要住院治疗或医院出具的疗养证明。例如，一些慢性疾病或轻微疾病可能只需要在家休息或进行简单的药物治疗即可恢复。如果学校不承认这些情况下的病假申请，显然是不合理的。
从实践操作角度来看：
- 学校在制定考勤制度时，应当考虑到教职工的实际情况和需求，以及医疗资源的有限性。过于严格的病假认定条件可能会导致教职工在申请病假时面临诸多困难，甚至可能引发不必要的纠纷和矛盾。
- 学校可以制定更为灵活和合理的病假制度，如允许教职工在提供医生诊断证明或处方等材料的情况下申请病假，或者根据疾病的严重程度和影响工作的程度来灵活确定病假的天数和待遇等。
建议：
- 如果您是学校的教职工，认为学校的考勤制度中关于病假的规定不合理，可以向学校相关部门提出意见和建议，要求修改和完善相关制度。
- 如果学校拒绝修改或您与学校之间因此产生纠纷，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁等。
总结：学校考勤制度中规定只有住院病假或者医院出具的疗养证明才能算病假，这一规定可能缺乏法律依据且不合理。学校应当制定更为灵活和合理的病假制度，以保障教职工的合法权益。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。