在员工驾驶车辆发生交通事故并造成人员死亡，且保险拒赔商业险的情况下，雇主可能需要承担的责任确实需要结合具体情形来详细分析。以下是对此问题的清晰、详细且有深度的解答：
一、民事责任
赔偿责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，用人单位的工作人员在执行工作任务过程中造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。因此，如果员工是在执行雇主的工作任务时发生交通事故，并负主要责任导致人员死亡，雇主通常需要承担相应的民事赔偿责任。
- 赔偿范围广泛，可能包括但不限于医疗费（如果受害者未立即死亡）、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费、丧葬费、被扶养人生活费、死亡补偿费，以及受害人亲属办理丧葬事宜支出的交通费、住宿费和误工损失等其他合理费用。
赔偿顺序与限额：
- 在处理赔偿时，通常遵循一定的顺序。首先，由交强险在责任限额内进行赔付。如果交强险的赔付不足以覆盖全部损失，接下来会考虑商业三者险的赔付（尽管在此情况下保险拒赔商业险，但这一步骤在理论上存在）。若商业三者险也无法赔付或赔付不足，剩余的赔偿责任将由雇主承担。
- 雇主在承担赔偿责任后，如果认为员工存在故意或重大过失，理论上可以依据双方约定或法律规定向员工的遗产进行追偿。然而，在实际操作中，这需要考虑员工已死亡的实际情况以及追偿的可行性。
二、刑事责任（间接责任）
- 在某些特定情形下，如果雇主的行为构成了交通肇事罪或其他相关犯罪的间接原因（例如强令员工违章冒险作业），雇主可能会被追究刑事责任。但需要注意的是，员工作为直接责任人，其死亡并不免除其自身应承担的刑事责任（如果其在生前被认定有罪）。而雇主是否承担刑事责任，则需要结合其行为与事故的因果关系进行具体判断。
三、雇主责任的减轻或免除情形
- 雇主并非在所有情况下都需要承担全部责任。如果雇主能够证明事故是由于员工故意违反规章制度、私自用车或存在其他独立于职务行为的过错所致，那么雇主可以根据过错程度主张减轻或免除责任。
- 为了支持这种抗辩，雇主需要提供充分的证据材料，如行车记录、证人证言等，以明确区分职务行为与个人行为。
综上所述，雇主在员工驾驶车辆发生交通事故并造成人员死亡，且保险拒赔商业险的情况下，可能需要承担民事赔偿责任，并在特定情形下承担间接刑事责任。然而，雇主的责任并非绝对，存在减轻或免除的可能性。因此，在处理此类事故时，建议雇主咨询专业律师以获取更具体的法律建议。